PDB-1skf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES K15 DD-TRANSPEPTIDASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1skf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES K15 DD-TRANSPEPTIDASE

要素

D-ALANYL-D-ALANINE TRANSPEPTIDASE

キーワード

PENICILLIN-BINDING / DD-TRANSPEPTIDASE / SERINE PEPTIDASE / BETA-LACTAMASE / HYDROLASE CARBOXYPEPTIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fonze, E. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a penicilloyl-serine transferase of intermediate penicillin sensitivity. The DD-transpeptidase of streptomyces K15.
著者: Fonze, E. / Vermeire, M. / Nguyen-Disteche, M. / Brasseur, R. / Charlier, P.

履歴

登録	1998年8月20日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1skf.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1skf.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1skf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1skf_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1skf_full_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示
XML形式データ	1skf_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1skf_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/1skf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/1skf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1es5-d 3g8a-3 3g88-2 1es2-d 3g8a-4 1es4-d 2yjp-2 3g88-1 1j9m-d 6mlo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-ALANYL-D-ALANINE TRANSPEPTIDASE

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.593, 54.528, 108.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	D-ALANYL-D-ALANINE TRANSPEPTIDASE 分子量: 27508.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: K15 参照: UniProt: P39042, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %

結晶化

pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	1.3 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop
3	0.4 M		1	drop	NaCl
4	10 mM		1	drop	NaN3
5	0.2 mM	dithiothreitol	1	drop
6	7.5 %(w/v)	PEG4000	1	drop		can be replaced by PEG8000
7	50 mM	Tris-HCl	1	reservoir
8	0.4 M		1	reservoir	NaCl
9	10 mM		1	reservoir	NaN3
10	0.2 mM	dithiothreitol	1	reservoir
11	15 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir		can be replaced by PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→38.4 Å / Num. obs: 23085 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.14
反射	PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 38.4 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / B_iso Wilson estimate*: 17.1 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.851	モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
X-PLOR	3.851	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→8 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 3

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1776	9.9 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.183	17859	93.9 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.26 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.2 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1927	0	0	149	2076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	25.8
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	0.67
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	1.9	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	2.95	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	3.39	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	4.98	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	138	9.5 %
R_work	0.245	1322	-
obs	-	-	78.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION	2	TIP3P.PARAMETER	TIP3P.TOPOLOGY

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.186 / R_factor R_free: 0.241

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	23.9
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.24

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.266 / R_factor R_work: 0.245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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