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- PDB-1si5: Protease-like domain from 2-chain hepatocyte growth factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1si5
タイトルProtease-like domain from 2-chain hepatocyte growth factor
要素hepatocyte growth factor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / chymotrypsin homology / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / chemoattractant activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Kirchhofer, D. / Yao, X. / Peek, M. / Eigenbrot, C. / Lipari, M.T. / Billeci, K.L. / Maun, H.R. / Moran, P. / Santell, L. / Lazarus, R.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural and functional basis of the serine protease-like hepatocyte growth factor beta-chain in Met binding and signaling
著者: Kirchhofer, D. / Yao, X. / Peek, M. / Eigenbrot, C. / Lipari, M.T. / Billeci, K.L. / Maun, H.R. / Moran, P. / Santell, L. / Wiesmann, C. / Lazarus, R.A.
履歴
登録2004年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62021年10月27日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: hepatocyte growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8431
ポリマ－26,8431
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.700, 63.700, 135.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 hepatocyte growth factor / Scatter factor / SF / Hepatopoeitin A / lung fibroblast-derived mitogen


分子量: 26842.998 Da / 分子数: 1 / 断片: protease-like domain / 変異: Cys604Ser / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14210
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: NaCl, CaCl2, PEG 1500, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月6日
放射モノクロメーター: front end, vertically collimating premirror, double-crystal silicon (111) monochromator with a fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. all: 10933 / Num. obs: 10933 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 886 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR5.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 10.678 / SU ML: 0.229 / Isotropic thermal model: restrained atomic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 531 4.9 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.248 10933 --
obs0.248 10399 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.36 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 0 33 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.962317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8465219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.60622.92365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10115261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7071511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0830.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0992.51089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5251737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.112.5612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6925580
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 --
Rwork0.323 1341 -
obs-886 83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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