PDB-1sh2: Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (Metal-free, Center...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sh2

タイトル

Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (Metal-free, Centered Orthorhombic)

要素

RNA Polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA POLYMERASE / VIRAL ENZYME / VIRAL REPLICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of norwalk virus polymerase reveals the carboxyl terminus in the active site cleft.
著者: Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

履歴

登録	2004年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sh2.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sh2.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sh0C 1sh3C 1khvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sh0-1 1sh3-2 1sh3-1 2b43-1 2b43-4 4lq9-d 1sh0-2 1khv-1 4nru-2 2ckw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA Polymerase

56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.270, 115.240, 91.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-630- HOH
2	1	A-649- HOH

#1: タンパク質	RNA Polymerase 分子量: 56813.551 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 属: Norovirus / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: Q70ET3, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, Tris-Cl, glycerol, CHAPS, 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	7 mg/ml	polymerase	1	drop
2	24 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
3	100-200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
4	50 mM	Tris-Cl	1	reservoir	pH7.5
5	15 %(w/v)	glycerol	1	reservoir
6	0.2 %(w/v)	CHAPS	1	reservoir
7	14 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月1日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 27003 / Num. obs: 27003 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 40 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2054 / R_sym value: 0.402 / % possible all: 91.3
反射	PLUS Num. measured all*: 215719
反射シェル	PLUS % possible obs: 91.3 % / Num. unique obs: 2054 / Num. measured obs*: 7221

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BEAST		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHV

1khv

解像度: 2.3→36.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 9.887 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinement was performed for each of three domains

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29087	1596	5.9 %	RANDOM
R_work	0.22672	-	-	-
obs	0.23054	25374	100 %	-
all	-	25374	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3939	0	0	139	4078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	4041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.07	1.963	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.509	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.138	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.991	2	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.844	4	4065
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.39	4	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.238	5	1418

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.347	113
R_work	0.289	1691
obs	-	1691

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2296	0.0347	-0.3651	3.8015	-0.0592	0.5363	0.0107	0.1684	-0.2669	-0.2143	-0.0233	0.3148	-0.0507	0.0235	0.0126	0.2175	-0.0096	-0.0416	0.2575	-0.0221	0.0151	25.0061	95.9861	43.905
2	4.2108	-1.501	1.1376	5.5107	-0.0492	2.2852	-0.0055	0.2057	-0.7324	-0.2515	-0.0156	-0.2782	0.0938	0.2912	0.0211	0.2068	-0.0389	0.0259	0.2153	-0.028	0.2853	35.694	74.073	43.9947
3	3.1289	-2.0613	1.6412	5.2192	-1.9903	2.7242	-0.2131	-0.3044	0.2206	0.6348	0.0479	-0.3378	-0.3703	-0.1568	0.1652	0.2414	0.0108	-0.0278	0.3725	-0.0087	0.4189	54.5346	94.8731	51.1468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 209	6 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	244 - 304	244 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	210 - 243	210 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	305 - 389	305 - 389
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	390 - 507	390 - 507

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.293 / R_factor R_work: 0.226

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.08

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.344 / R_factor R_work: 0.291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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