PDB-1sh0: Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (Triclinic)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sh0

タイトル

Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (Triclinic)

要素

RNA Polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA POLYMERASE / VIRAL REPLICATION ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of norwalk virus polymerase reveals the carboxyl terminus in the active site cleft.
著者: Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

履歴

登録	2004年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sh0.cif.gz	209.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sh0.ent.gz	168.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sh0_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sh0_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	1sh0_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	1sh0_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sh2C 1sh3C 1khvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sh2-d 1sh3-2 1sh3-1 2b43-1 1khv-1 2b43-4 4nru-2 2ckw-d 2uut-d 3ur0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA Polymerase

B: RNA Polymerase

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA Polymerase

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA Polymerase

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.144, 59.914, 100.095
Angle α, β, γ (deg.)	104.36, 92.49, 111.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	RNA Polymerase 分子量: 56813.551 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 属: Norovirus / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: Q70ET3, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, Tris-Cl, glycerol, 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	7 mg/ml	polymerase	1	drop
2	24 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
3	100-200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
4	50 mM	Tris-Cl	1	reservoir	pH7.5
5	15 %(w/v)	glycerol	1	reservoir
6	0.2 %(w/v)	CHAPS	1	reservoir
7	14 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→40 Å / Num. all: 57284 / Num. obs: 57284 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5246 / R_sym value: 0.147 / % possible all: 86.9
反射	PLUS Num. measured all*: 233635
反射シェル	PLUS % possible obs: 86.9 % / Num. unique obs: 5246 / Num. measured obs*: 7416

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BEAST		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHV

1khv

解像度: 2.17→35.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 5.954 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinement was performed for each of three domains in each protomer.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25552	2892	5 %	RANDOM
R_work	0.19412	-	-	-
obs	0.19716	54384	95.1 %	-
all	-	54384	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.71 Å²	-0.94 Å²
2-	-	-0.08 Å²	-1.65 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→35.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7887	0	0	434	8321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	8091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.022	1.963	10977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.262	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.179	2	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.925	2.5	8138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.998	3.5	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.182	4.5	2839

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	183	-
R_work	0.215	3719	-
obs	-	3719	87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4037	-0.1434	-0.2254	0.4128	0.0906	1.5709	-0.0352	-0.0197	-0.021	0.0167	0.0726	-0.0788	0.1756	0.1873	-0.0374	0.0596	0.0359	0.0014	0.0407	0.0034	0.0816	-21.1411	9.6789	19.7073
2	3.0117	-0.4155	1.5007	1.9927	0.0703	2.4219	-0.1475	0.0932	0.353	-0.1844	0.0738	-0.1691	-0.3504	0.153	0.0737	0.0574	-0.0131	0.0176	0.0036	-0.009	0.0442	-30.0176	31.39	26.289
3	2.5541	-2.1778	-1.6558	3.2639	2.0833	1.9297	0.0102	0.2221	-0.2114	-0.0146	-0.2515	0.3611	0.0396	-0.282	0.2414	0.0794	-0.0065	-0.0042	0.0875	0.0323	0.118	-38.8658	24.0323	-0.6913
4	0.6843	0.1713	0.637	0.1778	0.201	2.3575	-0.1776	0.0767	0.1998	-0.0803	-0.0117	-0.0105	-0.4084	0.1853	0.1892	0.1058	-0.0399	-0.0267	0.0686	0.0295	0.1075	6.741	31.4093	60.3983
5	2.486	0.3839	-1.7956	1.6294	0.3863	3.3188	-0.0991	-0.2207	-0.2941	0.2157	-0.0081	-0.0866	0.4712	0.0705	0.1072	0.0988	0.0018	-0.002	0.0825	-0.0079	0.0591	-2.2681	9.4514	54.7189
6	3.5371	1.0779	0.647	1.3998	0.4408	0.2516	-0.0946	-0.0218	-0.0558	-0.067	-0.0157	0.1283	-0.0125	-0.1186	0.1103	0.0742	0.0004	0.0215	0.0782	0.0351	0.0921	-10.6623	17.2611	81.2876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 209	6 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	244 - 304	244 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	210 - 243	210 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	305 - 389	305 - 389
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	390 - 507	390 - 507
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 209	5 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	244 - 304	244 - 304
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	210 - 243	210 - 243
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	305 - 389	305 - 389
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	390 - 507	390 - 507

精密化

*PLUS

最低解像度: 40 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.255 / R_factor R_work: 0.194

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.02

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.304 / R_factor R_work: 0.218

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関連情報:EMDBヘッダ

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