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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sgp | ||||||
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タイトル | ALA 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / SERINE PROTEINASE / PROTEIN INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, K. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with ...タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with Streptomyces griseus proteinase B. 著者: Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983 タイトル: Structure of the Complex of Streptomyces Griseus Protease B and the Third Domain of the Turkey Ovomucoid Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sgp.cif.gz | 56 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sgp.ent.gz | 42.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sgp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 99A / 2: CIS PROLINE - PRO I 12 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: K1 / プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5543.208 Da / 分子数: 1 / Mutation: DEL(1-6), L18A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390 |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 |
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検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年11月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0733 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 30783 / % possible obs: 80.3 % / Num. measured all: 83250 / Rmerge(I) obs: 0.0733 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.5 Å / % possible obs: 56 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.4→20 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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