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万見
- PDB-1sfu: Crystal structure of the viral Zalpha domain bound to left-handed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sfu
タイトルCrystal structure of the viral Zalpha domain bound to left-handed Z-DNA
要素
  • 34L protein
  • 5'-D(*T*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA Binding Protein/DNA / Protein-Z-DNA complex / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded RNA adenosine deaminase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein E3 / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Protein E3 / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein E3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Yaba-like disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ha, S.C. / Van Quyen, D. / Wu, C.A. / Lowenhaupt, K. / Rich, A. / Kim, Y.G. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: A poxvirus protein forms a complex with left-handed Z-DNA: crystal structure of a Yatapoxvirus Zalpha bound to DNA.
著者: Ha, S.C. / Lokanath, N.K. / Van Quyen, D. / Wu, C.A. / Lowenhaupt, K. / Rich, A. / Kim, Y.G. / Kim, K.K.
履歴
登録2004年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*T*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*T*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
A: 34L protein
B: 34L protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6734
ポリマ－21,6734
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.203, 92.452, 48.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*T*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 34L protein


分子量: 8722.137 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal Zalpha domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yaba-like disease virus (ウイルス)
属: Yatapoxvirus / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9DHS8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1-1.1 M lithium sulfate, 2-4 mM magnesium chloride, 25 mM cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1lithium sulfate11
2magnesium chloride11
3cacodylate11
4H2O11
5lithium sulfate12
6magnesium chloride12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9201 / 波長: 0.9203, 0.9159
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92011
20.92031
30.91591
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 15772
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 1539 9.6 %random
Rwork0.2375 ---
all-15970 --
obs-15266 95.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.017 Å20 Å20 Å2
2--5.277 Å20 Å2
3----4.259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1132 240 0 170 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0053
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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