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- PDB-1sfk: Core (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sfk
タイトルCore (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin
要素Core protein
キーワードVIRAL PROTEIN / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #930 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #930 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Kunjin virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dokland, T. / Walsh, M. / Mackenzie, J.M. / Khromykh, A.A. / Ee, K.-H. / Wang, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: West nile virus core protein; tetramer structure and ribbon formation
著者: Dokland, T. / Walsh, M. / Mackenzie, J.M. / Khromykh, A.A. / Ee, K.-H. / Wang, S.
履歴
登録2004年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 8 ...BIOMOLECULE: 1, 2 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 8 chain(s). the biological molecule may be dimer or tetramer.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein
B: Core protein
C: Core protein
D: Core protein
E: Core protein
F: Core protein
G: Core protein
H: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,09721
ポリマ－68,9238
非ポリマー1,17413
水48627
1
A: Core protein
B: Core protein
C: Core protein
D: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,09611
ポリマ－34,4614
非ポリマー6347
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: Core protein
F: Core protein
G: Core protein
H: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,00110
ポリマ－34,4614
非ポリマー5406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Core protein
B: Core protein
ヘテロ分子

A: Core protein
B: Core protein
ヘテロ分子

C: Core protein
D: Core protein
ヘテロ分子

C: Core protein
D: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,19122
ポリマ－68,9238
非ポリマー1,26914
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation8_455y-1,-x+1/2,z+1/41
Buried area22060 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
4
E: Core protein
F: Core protein
ヘテロ分子

E: Core protein
F: Core protein
ヘテロ分子

G: Core protein
H: Core protein
ヘテロ分子

G: Core protein
H: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,00220
ポリマ－68,9238
非ポリマー1,07912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation8_565y,-x+3/2,z+1/41
Buried area21190 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.655, 85.655, 214.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CA

21D-102-

CA

31F-103-

CA

41G-104-

CA

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31D
41E
51F
61G
71A
81B
91C
101D
111E
121F
131G
141H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLY6AA24 - 393 - 18
21LEULEUGLYGLY6CC24 - 393 - 18
31LEULEUGLYGLY6DD24 - 393 - 18
41LEULEUGLYGLY6EE24 - 393 - 18
51LEULEUGLYGLY6FF24 - 393 - 18
61LEULEUGLYGLY6GG24 - 393 - 18
72ARGARGARGARG2AA40 - 9619 - 75
82ARGARGARGARG2BB40 - 9619 - 75
92ARGARGARGARG2CC40 - 9619 - 75
102ARGARGARGARG2DD40 - 9619 - 75
112ARGARGARGARG2EE40 - 9619 - 75
122ARGARGARGARG2FF40 - 9619 - 75
132ARGARGARGARG2GG40 - 9619 - 75
142ARGARGARGARG2HH40 - 9619 - 75

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Core protein


分子量: 8615.314 Da / 分子数: 8 / 断片: Tryptic fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kunjin virus (ウイルス) / 属: Flavivirus / 生物種: West Nile virus / 株: MRM61C / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14335

-
非ポリマー , 5種, 40分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: PEG3350, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97956, 0.97976, 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979561
20.979761
30.88561
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 12515 / Num. obs: 12515 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 33.609 / SU ML: 0.532 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.629 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3112 607 5 %RANDOM
Rwork0.24909 ---
all0.25209 11589 --
obs0.25209 11589 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.026 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.03 Å20 Å20 Å2
2--8.03 Å20 Å2
3----16.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 41 27 4448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9716007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3175545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.22397
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5251.52743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9424397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0131736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7134.51610
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A228tight positional0.040.05
8B228tight positional0.050.05
2C228tight positional0.040.05
3D228tight positional0.050.05
4E228tight positional0.040.05
5F228tight positional0.050.05
6G228tight positional0.050.05
14H228tight positional0.050.05
1A232medium positional0.980.5
8B232medium positional0.950.5
2C232medium positional1.020.5
3D232medium positional0.870.5
4E232medium positional0.870.5
5F232medium positional0.780.5
6G232medium positional0.830.5
14H232medium positional1.050.5
1A228tight thermal0.080.5
8B228tight thermal0.140.5
2C228tight thermal0.060.5
3D228tight thermal0.090.5
4E228tight thermal0.060.5
5F228tight thermal0.10.5
6G228tight thermal0.080.5
14H228tight thermal0.190.5
1A232medium thermal0.512
8B232medium thermal1.042
2C232medium thermal0.552
3D232medium thermal0.622
4E232medium thermal0.492
5F232medium thermal0.532
6G232medium thermal0.482
14H232medium thermal0.692
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.327 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor反射数
Rfree0.427 74
Rwork0.373 1257
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01873.7396-2.335217.0291-5.366515.21410.2532-0.2479-0.6647-0.0315-0.5244-0.05730.64471.36330.27120.31260.33830.03250.73740.10020.6316.754552.291462.4324
29.2586-1.11190.077522.4256-1.676113.2460.7019-1.06090.63662.5424-0.9320.0156-1.45331.03140.230.6901-0.1280.01860.71270.13990.52096.789863.900964.9331
310.75980.58043.0519.49784.287723.10330.3431.94310.0909-2.7388-1.0724-0.04331.10181.69340.72940.90720.4206-0.05650.80750.20410.65657.318466.083835.2932
43.5834-1.28941.40916.252-5.561317.76470.2848-0.25410.4646-0.0776-0.7062-0.1682-0.15691.48620.42140.22760.05720.020.39010.04370.72896.726576.214641.0066
512.8871-2.06454.80222.6677-0.932114.08640.7155-2.3234-0.41143.4437-0.6559-0.05261.5892-2.2121-0.05961.0048-0.50830.02051-0.09990.702935.412465.854977.7622
62.27531.14040.293919.13116.240917.49070.60890.53520.38630.2138-1.12420.0661-0.0902-1.59130.51530.13-0.13640.02290.4142-0.02120.783436.134876.150572.304
72.3407-2.5307-2.649819.66512.914914.65940.5354-0.0437-0.7308-0.238-0.6449-0.13480.5476-1.41150.10950.3412-0.28410.04970.7214-0.10420.635536.101852.274650.9214
89.04430.2197-1.299519.62093.439610.93530.38381.12350.2619-2.315-0.8778-0.0404-1.9935-1.06130.4940.8940.10480.06770.8659-0.1190.568336.01264.023748.3188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA24 - 963 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2BB41 - 9620 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3CC24 - 963 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4DD24 - 963 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5EE24 - 963 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6FF24 - 963 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7GG24 - 963 - 75
8X-RAY DIFFRACTION8HH41 - 9620 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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