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- PDB-1seg: Crystal structure of a toxin chimera between Lqh-alpha-IT from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1seg
タイトルCrystal structure of a toxin chimera between Lqh-alpha-IT from the scorpion Leiurus quinquestriatus hebraeus and AAH2 from Androctonus australis hector
要素AAH2: LQH-ALPHA-IT (FACE) CHIMERIC TOXIN
キーワードTOXIN / CHIMERA / SCORPION
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PROPANOIC ACID / Alpha-mammal toxin AaH2
類似検索 - 構成要素
生物種Androctonus australis hector (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Karbat, I. / Frolow, F. / Froy, O. / Gilles, N. / Cohen, L. / Turkov, M. / Gordon, D. / Gurevitz, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Molecular basis of the high insecticidal potency of scorpion alpha-toxins.
著者: Karbat, I. / Frolow, F. / Froy, O. / Gilles, N. / Cohen, L. / Turkov, M. / Gordon, D. / Gurevitz, M.
履歴
登録2004年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月30日Group: Data collection
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Residues 8-10, 17, 56-59, 62 of Lqh-alpha-IT constructed on the scaffold of AAH2: D8K, ...SEQUENCE Residues 8-10, 17, 56-59, 62 of Lqh-alpha-IT constructed on the scaffold of AAH2: D8K, D9N, V10Y, G17F, R56P, T57I, K58R, G59V, R62K

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAH2: LQH-ALPHA-IT (FACE) CHIMERIC TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7185
ポリマ－7,4231
非ポリマー2944
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.523, 74.523, 56.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-182-

HOH

21A-205-

HOH

31A-287-

HOH

詳細The molecule is biologically active as a monomer

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要素

#1: タンパク質 AAH2: LQH-ALPHA-IT (FACE) CHIMERIC TOXIN / AaH II / AaHII / AaH2


分子量: 7423.493 Da / 分子数: 1 / 変異: D8K, D9N, V10Y, G17F, R56P, T57I, K58R, G59V, R62K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Androctonus australis hector (サソリ)
生物種: Androctonus australis / 株: hector / プラスミド: pET-11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01484
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM trisodium citrate dihydrate, 1M mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→52.7 Å / Num. obs: 19554 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 14.115 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 19647 / Rsym value: 0.051 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AHO

1aho


解像度: 1.3→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.916 / SU ML: 0.037
Isotropic thermal model: ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS REFINED
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17802 1002 5.1 %RANDOM
Rwork0.15349 ---
all0.15472 ---
obs0.15472 18549 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---3.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.047 Å0.047 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数518 0 18 119 655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.968748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84431027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.483563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0610.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1570.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5741.5325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1762512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3483228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7634.5236
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.222 53
Rwork0.227 1251
obs-1251
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42730.0683-0.36721.0158-0.20780.23-0.0218-0.0097-0.0131-0.0647-0.0346-0.13940.01430.02020.05640.04820.00180.01220.05890.01160.006318.28375.47718.639
249.1963-14.7472-5.47938.4477-11.5192-10.2743-0.0056-0.219-0.2385-0.34630.4597-0.18250.07050.0273-0.4540.0553-0.00770.00260.06020.00640.000912.99684.31219.175
32.987835.091110.5432-2.4731-0.7724-6.69560.0017-1.16141.32440.7026-0.10120.5419-1.543-0.66940.09950.0382-0.00130.00020.03820.00150.039419.35193.22921.649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 641 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2AB1651
3X-RAY DIFFRACTION3AC1661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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