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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sef | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cupin domain protein EF2996 from Enterococcus faecalis | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / NYSGXRC target T1582 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-ureidoglycine aminohydrolase / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of conserved hypothetical protein from Enterococcus Faecalis V583 著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31040.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The conserved hypothetical protein with unknown function 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.549 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MPD, calcium chloride, bis-Tris , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→25 Å / Num. all: 27665 / Num. obs: 27665 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 39.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.7649 Å2 / ksol: 0.36885 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10 /
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Xplor file |
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