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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sdj | |||||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF YDDE_ECOLI NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET ET25. | |||||||||
要素 | Hypothetical protein yddE | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換) / biosynthetic process / isomerase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Edstrom, W. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Savchenko, A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004 タイトル: Structure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF from Pseudomonas fluorescens. 著者: Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sdj.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sdj.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sdj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sdj_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sdj_full_validation.pdf.gz | 448.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sdj_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sdj_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34074.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YDDE, B1464 / プラスミド: PET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P37757 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97929, 0.97970, 0.97702 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月11日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 140762 / Num. obs: 32871 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.247 / Num. unique all: 2943 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 85.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 89.5 % | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 27 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 591533.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7607 Å2 / ksol: 0.333235 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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