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- PDB-1sd4: Crystal Structure of a SeMet derivative of BlaI at 2.0 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sd4
タイトルCrystal Structure of a SeMet derivative of BlaI at 2.0 A
要素PENICILLINASE REPRESSOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BlaI / MecI / repressor / methicillin / B-lactam
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene expression / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Penicillinase repressor fold / Penicillinase repressor domain / BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillinase repressor / Beta-lactamase repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Safo, M.K. / Zhao, Q. / Musayev, F.N. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Archer, G.L.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of the BlaI repressor from Staphylococcus aureus and its complex with DNA: insights into transcriptional regulation of the bla and mec operons
著者: Safo, M.K. / Zhao, Q. / Ko, T.-P. / Musayev, F.N. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Wang, A.H.-J. / Archer, G.L.
履歴
登録2004年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLINASE REPRESSOR
B: PENICILLINASE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8306
ポリマ－30,4462
非ポリマー3844
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.412, 116.362, 40.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The asymmetric unit contains the biological homodimer

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要素

#1: タンパク質 PENICILLINASE REPRESSOR / Regulatory protein blaI / Beta-lactamase repressor protein


分子量: 15222.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q6UB84, UniProt: P0A042*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ammonium sulfate, glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9792, 0.9795, 0.9611
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月23日
放射モノクロメーター: Channel-cut Si crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97951
30.96111
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 20786 / Num. obs: 20786 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 52.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.397 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23718 1061 5.1 %RANDOM
Rwork0.20291 ---
all0.2102 19686 --
obs0.20468 19686 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----1.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2036 0 20 225 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9762774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0555242
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3041.51212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51821978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8093860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5234.5796
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.38 77
Rwork0.277 1337
obs-1414
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80221.71550.66084.09820.56291.1886-0.19230.0416-0.1451-0.31610.3111-0.0425-0.1212-0.0227-0.11880.0722-0.05780.01910.0527-0.01760.02955.657728.805327.3332
21.39120.0806-0.15161.49670.09230.4595-0.110.0941-0.07710.1109-0.0292-0.07170.0926-0.10730.13920.0238-0.02940.01030.0434-0.01940.059452.57351.217227.5276
31.4486-1.24040.23621.70531.38241.13360.09320.18910.05370.1879-0.0943-0.03910.1298-0.17630.00120.0704-0.02960.01780.07830.00050.005528.156616.323331.5582
40.9420.0534-0.29720.9096-0.07870.0655-0.16290.0606-0.0574-0.0675-0.0244-0.10640.0120.00130.18730.0559-0.02880.03270.0468-0.03490.067351.84660.854127.186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 735 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2AA74 - 12674 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3BB5 - 735 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4BB74 - 12674 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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