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- PDB-1scv: NMR STRUCTURE OF THE C TERMINAL DOMAIN OF CARDIAC TROPONIN C BOUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1scv
タイトルNMR STRUCTURE OF THE C TERMINAL DOMAIN OF CARDIAC TROPONIN C BOUND TO THE N TERMINAL DOMAIN OF CARDIAC TROPONIN I
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / TROPONIN C-TROPONIN I INTERACTION / CARDIAC / MUSCLE PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac Troponin complex / Striated Muscle Contraction / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...EF hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / DGSA
データ登録者Finley, N.L. / Howarth, J.W. / Rosevear, P.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structure of the Mg2+-loaded C-lobe of cardiac troponin C bound to the N-domain of cardiac troponin I: comparison with the Ca2+-loaded structure.
著者: Finley, N.L. / Howarth, J.W. / Rosevear, P.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structures of the C-terminal domain of cardiac troponin C free and bound to the N-terminal domain of cardiac troponin I
著者: Gasmi-Seabrook, G.M. / Howarth, J.W. / Finley, N. / Abusamhadneh, E. / Gaponenko, V. / Brito, R.M. / Solaro, R.J. / Rosevear, P.R.
履歴
登録2004年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5443
ポリマ－9,4641
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #7lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / TN-C


分子量: 9463.531 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (RESIDUES 81 - 161) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TNNC1 / プラスミド: PET-23D+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09860
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC, 15N-NOESY-HSQC
12115N-TOCSY-HSQC, HNCO, HN(CA)CB
131(HB)CBCA(CO)NNH, H(CCO)NH
141C(CO)NH, (HB)CB(CGCD)HD
151(HB)CB(CGCDCE)HE, CN-NOESY-HSQC, HNHA, HNHB
161AB-TROSY
NMR実験の詳細Text: BEST 20 STRUCTURES. THESE STRUCTURES WERE DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON CA2+_SATURATED 15N, 13C-CTNC(81-161) BOUND TO CTNI(33-80).

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試料調製

詳細内容: 1MM [15N,13C]CTNC(81-161)/CTNI(33-80), 20MM TRIS-D11, 100MM KCL, 20MM DTT, 15MM CACL2, 0.1MM LEUPETIN, 0.1MM PEFABLOC; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM KCL, 15mM CACL2 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 318.00 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys解析
CNS1Brunger精密化
CNX1Accelrys精密化
精密化手法: DGSA / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 926 restraints, 787 are NOE-derived distance restraints, 91 dihedral angle restraints, 4 distance restraints from hydrogen bonds and 44 dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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