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- PDB-1sce: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CELL CYCLE REGULATORY PROTEIN SUC1 REVEA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sce
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CELL CYCLE REGULATORY PROTEIN SUC1 REVEALS A NOVEL BETA-HINGE CONFORMATIONAL SWITCH
要素SUC1
キーワードCELL CYCLE REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex binding ...signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bourne, Y. / Tainer, J.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the cell cycle-regulatory protein suc1 reveals a beta-hinge conformational switch.
著者: Bourne, Y. / Arvai, A.S. / Bernstein, S.L. / Watson, M.H. / Reed, S.I. / Endicott, J.E. / Noble, M.E. / Johnson, L.N. / Tainer, J.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of P13Suc1, a P34Cdc2-Interacting Cell Cycle Control Protein
著者: Endicott, J.E. / Noble, M.E. / Garman, E.F. / Brown, N. / Rasmussen, B. / Nurse, P. / Johnson, L.N.
履歴
登録1995年5月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUC1
B: SUC1
C: SUC1
D: SUC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3797
ポリマ－53,2734
非ポリマー1063
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
2
C: SUC1
ヘテロ分子

A: SUC1
B: SUC1
D: SUC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3797
ポリマ－53,2734
非ポリマー1063
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 85.600, 97.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SUC1


分子量: 13318.138 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08463
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG40001reservoir
25 %sat1reservoirLiCl
3100 mMimidazole/malate1reservoir

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データ収集

反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 19489 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.06

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 --
Rwork0.193 --
obs0.193 18451 83 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 3 238 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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