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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sau | ||||||
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タイトル | The Gamma subunit of the dissimilatory sulfite reductase (DsrC) from Archaeoglobus fulgidus at 1.1 A resolution | ||||||
要素 | sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ORTHOGONAL HELICAL BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Mander, G.J. / Weiss, M.S. / Hedderich, R. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Warkentin, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Determination of a novel structure by a combination of long-wavelength sulfur phasing and radiation-damage-induced phasing. 著者: Weiss, M.S. / Mander, G. / Hedderich, R. / Diederichs, K. / Ermler, U. / Warkentin, E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Determination of a novel structure by a combination of long-wavelength sulfur phasing and radiation-damage-induced phasing. 著者: Weiss, M.S. / Mander, G. / Hedderich, R. / Diederichs, K. / Ermler, U. / Warkentin, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sau.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sau.ent.gz | 52.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sau.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sau_validation.pdf.gz | 418.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sau_full_validation.pdf.gz | 418.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sau_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sau_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/1sau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/1sau | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13498.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: DsrC / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / K12 / 参照: UniProt: O28055 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.23 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 9.5 詳細: TRIS, MPD, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 9.50 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 9.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 40859 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 73 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.12 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. obs: 40862 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 205663 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.12 Å / 最低解像度: 1.15 Å / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.12→20 Å / Num. parameters: 10819 / Num. restraintsaints: 14685 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.044
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228. riding hydrogens were used in refinement. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 938 / Occupancy sum non hydrogen: 1062.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.17 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.108 / Rfactor Rwork: 0.108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 8.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.15 Å |