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- PDB-1sa3: An asymmetric complex of restriction endonuclease MspI on its pal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sa3
タイトルAn asymmetric complex of restriction endonuclease MspI on its palindromic DNA recognition site
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
  • Type II restriction enzyme MspI
キーワードhydrolase/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, MspI / Restriction endonuclease MspI / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / Restriction endonuclease type II-like / DNA restriction-modification system / DNA binding / DNA / Type II restriction enzyme MspI
機能・相同性情報
生物種Moraxella sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / combination of MAD, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Xu, Q.S. / Kucera, R.B. / Roberts, R.J. / Guo, H.C.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: An Asymmetric Complex of Restriction Endonuclease MspI on Its Palindromic DNA Recognition Site.
著者: Xu, Q.S. / Kucera, R.B. / Roberts, R.J. / Guo, H.C.
履歴
登録2004年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme MspI
B: Type II restriction enzyme MspI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9868
ポリマ－71,9406
非ポリマー462
水5,963331
1
C: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme MspI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9934
ポリマ－35,9703
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
B: Type II restriction enzyme MspI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9934
ポリマ－35,9703
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.193, 131.601, 59.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3046.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Type II restriction enzyme MspI / Endonuclease MspI / R.MspI


分子量: 29876.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moraxella sp. (バクテリア) / 遺伝子: MSPIR / プラスミド: pCAD39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2502
参照: UniProt: P11405, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, ammonium sulfate, calcium chloride, PEG 8000, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9207 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月20日
詳細: double-crystal monochromator Si(111), beam focused by a toroidal mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double-crystal monochromator Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mirror + Ni FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3double-crystal monochromator Si(111)MADMx-ray1
放射波長波長: 0.9207 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. all: 53664 / Num. obs: 52241 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -2.5 / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.89 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2671 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: combination of MAD, 多重同系置換・異常分散
解像度: 1.95→42.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2004540.11 / Data cutoff high rms absF: 2004540.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 5172 10.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.225 51260 --
obs0.225 51260 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.5597 Å2 / ksol: 0.327728 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å22.02 Å2
2--5.24 Å20 Å2
3----3.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4206 726 2 331 5265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 869 10 %
Rwork0.26 7801 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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