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- PDB-1s9p: crystal structure of the ligand-binding domain of the estrogen-re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9p
タイトルcrystal structure of the ligand-binding domain of the estrogen-related receptor gamma in complex with diethylstilbestrol
要素Estrogen-related receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / ligand-binding domain / antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding ...Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYLSTILBESTROL / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for the Deactivation of the Estrogen-related Receptor {gamma} by Diethylstilbestrol or 4-Hydroxytamoxifen and Determinants of Selectivity.
著者: Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D.
履歴
登録2004年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
C: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2218
ポリマ－103,1484
非ポリマー1,0734
水3,711206
1
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1114
ポリマ－51,5742
非ポリマー5372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1114
ポリマ－51,5742
非ポリマー5372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子

C: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2218
ポリマ－103,1484
非ポリマー1,0734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area10200 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PISA
4
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子

C: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1114
ポリマ－51,5742
非ポリマー5372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area3000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
5
A: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1114
ポリマ－51,5742
非ポリマー5372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.999, 77.460, 95.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor related protein 3 / ERR gamma-2


分子量: 25787.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ESRRG, NR3B3, ERRG2, ERR3, KIAA0832 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62509
#2: 化合物
ChemComp-DES / DIETHYLSTILBESTROL


分子量: 268.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 297 K / pH: 8
詳細: PEG3350, NaOAc, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→45 Å / Num. obs: 57942 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 46.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KV6

1kv6


解像度: 2.13→29.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 768655.75 / Data cutoff high rms absF: 768655.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2930 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 57722 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å2-0.24 Å2
2--9.44 Å20 Å2
3----7.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6843 0 80 206 7129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 281 4.9 %
Rwork0.266 5419 -
obs--98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDES.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DES.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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