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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s9p | ||||||
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タイトル | crystal structure of the ligand-binding domain of the estrogen-related receptor gamma in complex with diethylstilbestrol | ||||||
![]() | Estrogen-related receptor gamma | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / ligand-binding domain / antagonist complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Deactivation of the Estrogen-related Receptor {gamma} by Diethylstilbestrol or 4-Hydroxytamoxifen and Determinants of Selectivity. 著者: Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25787.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DES / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / pH: 8 詳細: PEG3350, NaOAc, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→45 Å / Num. obs: 57942 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 46.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KV6 解像度: 2.13→29.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 768655.75 / Data cutoff high rms absF: 768655.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→29.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.13→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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