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- PDB-1s9c: Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9c
タイトルCrystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2
要素Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
キーワードLYASE / HOT-DOG FOLD / HYDRATASE 2 MOTIF / MULTIFUNCTIONAL
機能・相同性
機能・相同性情報


3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity ...3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / very long-chain fatty acid metabolic process / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / Sertoli cell development / enoyl-CoA hydratase activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / peroxisomal membrane / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / isomerase activity / Peroxisomal protein import / osteoblast differentiation / peroxisome / protein homodimerization activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A ...: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of 2-enoyl-CoA hydratase 2 from human peroxisomal multifunctional enzyme type 2.
著者: Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K.
履歴
登録2004年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
B: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
C: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
D: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
E: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
F: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
G: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
H: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
I: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
J: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
K: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
L: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,83212
ポリマ－386,83212
非ポリマー00
水3,243180
1
A: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
B: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
D: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
3
E: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
F: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
4
G: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
H: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
5
I: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
J: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
6
K: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
L: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4722
ポリマ－64,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.295, 105.431, 206.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit is complete and the biological unit is a dimer.

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要素

#1: タンパク質
Peroxisomal multifunctional enzyme type 2 / MFE-2 / D-bifunctional protein / DBP / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 4 / 17-beta-HSD 4


分子量: 32235.971 Da / 分子数: 12 / 断片: 2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain / 変異: S318M, T319A, I559V, T615L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B4, EDH17B4 / プラスミド: pET3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P51659, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1110.909
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1320.8019
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年6月28日
MARRESEARCH2CCD2002年8月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9091
20.80191
反射解像度: 2.99→30 Å / Num. all: 82559 / Num. obs: 77386 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.99→3.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 5253 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PN2

1pn2


解像度: 3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 3870 -RANDOM
Rwork0.2285 ---
all-82559 --
obs-77386 93.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24344 0 0 180 24524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0094
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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