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万見
- PDB-1s9b: Crystal Structure Analysis of the B-DNA GAATTCG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9b
タイトルCrystal Structure Analysis of the B-DNA GAATTCG
要素5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / DOUBLE HELIX / CUBIC DNA / NICKEL
機能・相同性NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Valls, N. / Uson, I. / Gouyette, C. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: A cubic arrangement of DNA double helices based on nickel-guanine interactions
著者: Valls, N. / Uson, I. / Gouyette, C. / Subirana, J.A.
履歴
登録2004年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5106
ポリマ－4,2752
非ポリマー2354
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.867, 70.867, 70.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 7 / Label seq-ID: 1 - 7

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量: 2137.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, Nickel Chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Nickel Chloride11
3cacodylate11
4H2O11
5MPD12
6Nickel Chloride12
7H2O12

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411
シンクロトロンESRF BM1421.48475, 1.48563, 1.31155
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年9月10日
MARRESEARCH2CCD2002年9月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.484751
31.485631
41.311551
反射解像度: 2.81→22.4 Å / Num. obs: 1491 / % possible obs: 97.4 % / Rsym value: 0.095

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: ideal B-DNA

解像度: 2.81→22.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.09 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.15 / ESU R Free: 0.361
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26428 69 4.7 %RANDOM
Rwork0.281 ---
all0.281 ---
obs0.281 1388 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→22.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 284 4 20 308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1243488
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5681.535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.893325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.734.5488
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 142 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.070.05
tight thermal0.210.5
LS精密化 シェル解像度: 2.815→2.887 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.899 3
Rwork0.425 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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