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万見
- PDB-1s8l: Anion-free form of the D85S mutant of bacteriorhodopsin from crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s8l
タイトルAnion-free form of the D85S mutant of bacteriorhodopsin from crystals grown in the presence of halide
要素Bacteriorhodopsin precursor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bacteriorhodopsin / anion / pump
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Facciotti, M.T. / Cheung, V.S. / Lunde, C.S. / Rouhani, S. / Baliga, N.S. / Glaeser, R.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Specificity of anion binding in the substrate pocket of bacteriorhodopsin.
著者: Facciotti, M.T. / Cheung, V.S. / Lunde, C.S. / Rouhani, S. / Baliga, N.S. / Glaeser, R.M.
履歴
登録2004年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN ONLY A SMALL PORTION OF HET GROUP LI1 WAS MODELED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,29910
ポリマ－26,9011
非ポリマー5,3979
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.725, 121.335, 74.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin precursor / BR


分子量: 26901.490 Da / 分子数: 1 / 変異: D85S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. (好塩性) / 遺伝子: BOP, VNG1467G / 属 (発現宿主): Halobacterium / 発現宿主: Halobacterium (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6
詳細: sodium acetate, PEG 4000, KCl, pH 4.6, lipidic cubic phase, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47 Å / Num. all: 111430 / Num. obs: 10515 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rsym value: 0.103
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rsym value: 0.199 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JV7

1jv7


解像度: 2.3→46.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1887275.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 755 7.2 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.223 ---
obs0.221 10455 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.1448 Å2 / ksol: 0.377968 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.88 Å20 Å20 Å2
2--2.95 Å20 Å2
3---0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å-0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1714 0 91 48 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 131 7.6 %
Rwork0.192 1593 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAM2PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMLI1.TOP
X-RAY DIFFRACTION3RET.PARRET.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LI1.PARWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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