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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s6x | ||||||
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タイトル | Solution structure of VSTx | ||||||
要素 | KvAP CHANNEL | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / Double stranded antiparallel beta-sheet / Inhibitory cystine knot | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Jung, H.J. / Eu, Y.J. / Kim, J.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Solution structure and lipid membrane partitioning of VSTx1, an inhibitor of the KvAP potassium channel. 著者: Jung, H.J. / Lee, J.Y. / Kim, S.H. / Eu, Y.J. / Shin, S.Y. / Milescu, M. / Swartz, K.J. / Kim, J.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s6x.cif.gz | 210.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s6x.ent.gz | 181.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was synthesized chemically. / 参照: UniProt: P60980*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 10mM VSTx; 90% H20, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 756 restraints, 721 are NOE derived distance constraints, 18 dihedral angle restraints, 8 distance restraints from hydrogen bonds, and 9 distance ...詳細: The structures are based on a total of 756 restraints, 721 are NOE derived distance constraints, 18 dihedral angle restraints, 8 distance restraints from hydrogen bonds, and 9 distance restraints from disulfide bonds. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |