PDB-1s6x: Solution structure of VSTx

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s6x

タイトル

Solution structure of VSTx

要素

KvAP CHANNEL

キーワード

TOXIN / Double stranded antiparallel beta-sheet / Inhibitory cystine knot

機能・相同性

機能・相同性情報

ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Jung, H.J. / Eu, Y.J. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure and lipid membrane partitioning of VSTx1, an inhibitor of the KvAP potassium channel.
著者: Jung, H.J. / Lee, J.Y. / Kim, S.H. / Eu, Y.J. / Shin, S.Y. / Milescu, M. / Swartz, K.J. / Kim, J.I.

履歴

登録	2004年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s6x.cif.gz	213.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s6x.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s6x_validation.pdf.gz	341.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s6x_full_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示
XML形式データ	1s6x_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	1s6x_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2aap-d 2kgh-d 6br0-d 1lu8-d 1qk6-d 5we3-d 2idn-d 1zjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KvAP CHANNEL

4.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	KvAP CHANNEL / VSTx / GATING MODIFIER TOXIN 分子量: 4009.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was synthesized chemically. / 参照: UniProt: P60980*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	PE-COSY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D NOESY
1	4	1	2D TOCSY
2	5	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

内容: 10mM VSTx; 90% H20, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	温度 (K)
1	0	3.5	283 K
2	0	3.5	300 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851		精密化
XwinNMR	3	Bruker	collection
XwinNMR	3	Bruker	解析

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 756 restraints, 721 are NOE derived distance constraints, 18 dihedral angle restraints, 8 distance restraints from hydrogen bonds, and 9 distance ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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