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- PDB-1s6l: Solution structure of MerB, the Organomercurial Lyase involved in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6l
タイトルSolution structure of MerB, the Organomercurial Lyase involved in the bacterial mercury resistance system
要素Alkylmercury lyase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能
Alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / : / Alkylmercury lyase / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / : / Alkylmercury lyase / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkylmercury lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / Simulated annealing, with a combination of torsion angle dynamics, cartesian dynamics
データ登録者Di Lello, P. / Benison, G.C. / Valafar, H. / Pitts, K.E. / Summers, A.O. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: NMR structural studies reveal a novel protein fold for MerB, the organomercurial lyase involved in the bacterial mercury resistance system.
著者: Di Lello, P. / Benison, G.C. / Valafar, H. / Pitts, K.E. / Summers, A.O. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: 1H, 15N, and 13C resonance assignment of the 23 kDa organomercurial lyase MerB in its free and mercury-bound forms
著者: Di Lello, P. / Benison, G.C. / Omichinski, J.G. / Legault, P.
履歴
登録2004年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylmercury lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0581
ポリマ－23,0581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 55The submitted models are the 20 structures with no upper bound violation greater that 0.3 armstrongs and no dihedral angle restraint violation greater than 2 degrees and with the lowest energies.
代表モデルモデル #1among the structures with the lowest rmsd to the minimized averge structure, the model with the lowest energy was selected

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要素

#1: タンパク質 Alkylmercury lyase / Organomercurial lyase


分子量: 23058.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MERB / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-edited NOESY-HSQC
121HNHA
1323D 13C-edited HMQC-NOESY
1424D 13C/13C-edited HMQC-NOESY-HMQC
1532D IPAP-[1H-15N] HSQC
1633D TROSY-based HNCO for measuraments of one-bond dipolar couplings
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0-1.5mM MerB [U-15N], 10mM sodium phosphate buffer, 10mM sodium chloride, 7.5mM DTT, 1mM EDTA, 90%H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
21.0-1.5mM MerB [U-13C and U-15N], 10mM sodium phosphate buffer, 10mM sodium chloride, 7.5mM DTT, 1mM EDTA, 99.9% D2O99.9% D2O
31.3mM MerB [U-13C and U-15N], 10mM sodium phosphate buffer, 10mM sodium chloride, 7.5mM DTT, 1mM EDTA, 11 mg/ml Pf1 phages, 90%H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM sodium phosphate buffer and 10mM sodium chloride
pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Zhu, G., Pfeifer, J. and Bax, A.解析
PIPPGarrett, D.S., Powers, R., Gronenborn, A.M., Clore, G.M.データ解析
NMRView5.0.4Johnson, B.A. and Blevins, R.A.データ解析
CNS1Brunger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S., Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T. and Warren, G.L.構造決定
CNS1Brunger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S., Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T. and Warren, G.L.精密化
精密化手法: Simulated annealing, with a combination of torsion angle dynamics, cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The three-dimensional structures of MerB were determined using a set of 1493 NOE-derived distance restraints, 203 backbone dihedral angle (phi and psi) restraints, 5 chi angle restraints, 36 ...詳細: The three-dimensional structures of MerB were determined using a set of 1493 NOE-derived distance restraints, 203 backbone dihedral angle (phi and psi) restraints, 5 chi angle restraints, 36 hydrogen-bond restraints and 298 one-bond residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: among the structures with the lowest rmsd to the minimized averge structure, the model with the lowest energy was selected
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted models are the 20 structures with no upper bound violation greater that 0.3 armstrongs and no dihedral angle restraint violation greater than 2 ...コンフォーマー選択の基準: The submitted models are the 20 structures with no upper bound violation greater that 0.3 armstrongs and no dihedral angle restraint violation greater than 2 degrees and with the lowest energies.
計算したコンフォーマーの数: 55 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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