+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s60 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Aminoglycoside N-Acetyltransferase AAC(6')-Iy in Complex with CoA and N-terminal His(6)-tag (crystal form 2) | ||||||
![]() | aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GNAT / N-acetyltransferase / acetyltransferase / aminoglycoside / CoA | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase activity / aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / acetyl-CoA metabolic process / response to antibiotic / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Magnet, S. / Nieves, E. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A bacterial acetyltransferase capable of regioselective N-acetylation of antibiotics and histones 著者: Vetting, M.W. / Magnet, S. / Nieves, E. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S. #1: ![]() タイトル: Kinetic and mutagenic characterization of the chromosomally encoded Salmonella enterica AAC(6')-Iy aminoglycoside N-acetyltransferase 著者: Magnet, S. / Lambert, T. / Courvalin, P. / Blanchard, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 756.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 763.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the assymetric unit by the operations 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 146.5 89.0 |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18556.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pet28a+ / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9R381, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: vapor diffusion under oil / pH: 8.8 詳細: Bicine, Ammonium Sulfate, pH 8.8, vapor diffusion under oil, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月26日 / 詳細: MSC Blue Confocal |
放射 | モノクロメーター: Optics MSC Blue Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 5773 / Num. obs: 5773 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rsym value: 0.136 / % possible all: 87 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Partially refined model created by fitting a Se-MET derived Map from same crystal form collected at synchotron radiation source. 解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree: 0.352 / Rfactor Rwork: 0.281 |