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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s5v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of a mutant of DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE--residue Tyr107 to Phe107 | ||||||
要素 | Dihydrodipicolinate synthase | ||||||
キーワード | LYASE / SYNTHASE / DIHYDRODIPICOLINATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Dobson, R.C.J. / Valegard, K. / Gerrard, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2004 タイトル: The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad 著者: Dobson, R.C.J. / Valegard, K. / Gerrard, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s5v.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s5v.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1s5v_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1s5v_full_validation.pdf.gz | 436 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1s5v_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1s5v_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31288.936 Da / 分子数: 2 / 変異: Y107F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DAPA / プラスミド: pRD002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AT997 / 参照: UniProt: P0A6L2, dihydrodipicolinate synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: potassium phosphate (0.0012ml, 1.8M, pH10), N-octyl-beta-R-glucopyrandoside (0.0006ml, 6% w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 38813 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DHP 解像度: 2.35→20.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.396 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.689 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
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