PDB-1s5e: Cholera holotoxin, Crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s5e

タイトル

Cholera holotoxin, Crystal form 1

要素

Cholera enterotoxin, A chain precursor
cholera toxin B protein (CTB)

キーワード

TRANSFERASE / TOXIN / cholera toxin / heat-labile enterotoxin / ADP ribose transferases / AB5 toxins

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / catalytic complex / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

O'Neal, C.J. / Amaya, E.I. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of an intrinsically active cholera toxin mutant yield insight into the toxin activation mechanism
著者: O'Neal, C.J. / Amaya, E.I. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.

履歴

登録	2004年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1s5e.ent.gz	252.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1s5e_validation.pdf.gz	517.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s5e_full_validation.pdf.gz	535.4 KB	表示
XML形式データ	1s5e_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	1s5e_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1s5bSC 1s5cC 1s5dC 1s5fC 1lta 1ltg 1lts 1xtc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ltt-d 1lt3-d 1s5f-d 1s5c-d 1lta-d 1lts-d 1lti-d 1lt4-d 1ltb-d 1s5b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (8) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholera enterotoxin, A chain precursor

D: cholera toxin B protein (CTB)

E: cholera toxin B protein (CTB)

F: cholera toxin B protein (CTB)

G: cholera toxin B protein (CTB)

H: cholera toxin B protein (CTB)

B: Cholera enterotoxin, A chain precursor

J: cholera toxin B protein (CTB)

K: cholera toxin B protein (CTB)

L: cholera toxin B protein (CTB)

M: cholera toxin B protein (CTB)

N: cholera toxin B protein (CTB)

ヘテロ分子

171 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cholera enterotoxin, A chain precursor

D: cholera toxin B protein (CTB)

E: cholera toxin B protein (CTB)

F: cholera toxin B protein (CTB)

G: cholera toxin B protein (CTB)

H: cholera toxin B protein (CTB)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 6 ポリマー
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2

B: Cholera enterotoxin, A chain precursor

J: cholera toxin B protein (CTB)

K: cholera toxin B protein (CTB)

L: cholera toxin B protein (CTB)

M: cholera toxin B protein (CTB)

N: cholera toxin B protein (CTB)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.931, 108.230, 122.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Cholera enterotoxin, A chain precursor / NAD(+)--diphthamide ADP- ribosyltransferase / Cholera enterotoxin A subunit

分子量: 27228.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXA, TOXA, VC1457 / プラスミド: pARCT5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P01555, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase

#2: タンパク質

cholera toxin B protein (CTB)

分子量: 11623.267 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXB, TOXB, VC1456 / プラスミド: pARCT5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01556

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#4: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0781 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.39 Å / Num. all: 122327 / Num. obs: 122327 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique all: 11923 / R_sym value: 0.391 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CTY30S Form 3 structure (PDB ID 1S5B)

1s5b

解像度: 1.9→40.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 2.95 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20521	6126	5 %	RANDOM
R_work	0.16716	-	-	-
all	0.16904	116190	-	-
obs	0.16904	116190	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11664	0	26	748	12438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	11939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.93	16183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.787	3	24337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.531	5	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.3	11932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.5	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.5	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.12	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.267	0.3	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.371	0.3	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	2	7409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.874	3	11945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.447	2	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.3	3	4238

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.944 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.267	440
R_work	0.231	8128

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8067	0.1312	0.6359	1.412	0.6478	2.3027	0.0943	0.0835	-0.2063	-0.0745	0.0252	-0.1162	0.2671	0.2322	-0.1195	0.1885	0.0234	0.0407	0.1281	-0.0202	0.2006	2.219	-18.364	39.701
2	2.1663	1.8503	3.4465	2.3858	3.735	5.7476	-0.0786	0.1979	0.0215	-0.0455	0.0885	-0.1166	-0.0174	0.2106	-0.0099	0.2045	-0.0284	0.0486	0.1811	0.0025	0.2013	8.98	-2.763	38.036
3	1.2182	-0.2617	-0.0621	0.7473	-0.2269	0.8522	-0.0282	0.0724	-0.1167	-0.04	-0.0303	-0.084	0.0477	0.056	0.0585	0.1927	-0.0024	0.0352	0.1218	-0.0109	0.2322	33.451	-2.526	42.224
4	1.3906	-0.4164	-0.3995	1.7607	0.1169	0.7739	0.061	0.1672	0.0754	-0.1287	-0.0263	-0.0664	-0.0614	-0.0932	-0.0347	0.2072	0.01	0.0315	0.1502	0.022	0.1738	21.071	14.651	36.502
5	1.1349	-0.183	-0.5558	0.788	0.0129	1.1598	0.0773	0.0423	0.1176	-0.0284	-0.0191	0.1119	-0.148	-0.0834	-0.0582	0.2041	0.0164	0.0288	0.1258	-0.0066	0.229	8.111	19.663	53.655
6	1.4019	-0.1792	-0.2112	1.3685	-0.0618	1.0624	-0.0686	-0.3068	-0.0278	0.1504	0.026	0.0559	0.0177	0.015	0.0426	0.2086	0.0123	0.0353	0.1823	0.0116	0.1746	12.718	5.509	69.711
7	1.9463	-0.099	-0.4496	0.7386	0.2693	0.9734	-0.1182	-0.2842	-0.2664	0.0508	0.0384	-0.0204	0.0609	0.0784	0.0798	0.0888	0.0302	0.0277	0.042	0.0706	0.1264	28.248	-8.296	62.674
8	1.5044	-0.0579	-0.0197	1.1017	0.0673	1.1141	0.0246	0.0624	-0.1368	0.0179	-0.0288	0.0615	0.0996	0.0433	0.0042	0.1596	-0.001	0.0416	0.1177	-0.0364	0.2342	38.127	30.197	8.288
9	3.7803	3.4357	3.3046	4.83	4.0547	3.9229	-0.0267	0.2553	-0.0186	-0.073	0.0983	-0.1264	-0.0082	0.0873	-0.0716	0.1582	0.0003	0.0576	0.1679	-0.0152	0.2079	50.103	43.127	3.202
10	1.5445	-0.472	-0.1186	0.833	-0.3253	1.2712	0.0243	0.1444	-0.0725	-0.0191	-0.0472	-0.0404	0.0069	0.0287	0.0229	0.1821	-0.0023	0.0225	0.1491	-0.0235	0.2131	75.188	44.516	7.437
11	2.3992	-0.3519	-0.2249	1.5771	0.3024	0.8486	0.1567	0.389	0.2155	-0.171	-0.1707	-0.0317	-0.0916	-0.091	0.014	0.1905	0.0508	0.0351	0.1983	0.0432	0.1871	63.111	59.96	-2.245
12	1.6917	-0.7528	-0.2565	1.839	0.1329	0.8976	0.0728	0.0989	0.2536	-0.0806	-0.0743	0.1409	-0.1348	-0.0636	0.0015	0.17	0.0145	0.0332	0.1076	-0.0192	0.2856	49.903	68.888	13.018
13	1.4422	-0.4701	0.0627	1.5424	-0.0875	1.2603	-0.0548	-0.272	0.142	0.2414	0.0856	0.119	-0.0322	-0.0499	-0.0309	0.2083	0.0034	0.0658	0.1653	-0.0537	0.2255	54.024	58.725	32.079
14	2.0037	-0.337	-0.3311	1.067	0.2329	0.8634	-0.0578	-0.2646	-0.0429	0.1521	0.041	0.0227	0.0437	0.0437	0.0169	0.2135	0.0015	0.0173	0.1493	0.007	0.189	69.693	43.78	28.757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	197 - 236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	1 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	1 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	1 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	198 - 235
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 103
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	1 - 103
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	1 - 103

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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