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- PDB-1s4t: Solution structure of synthetic 21mer peptide spanning region 135... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4t
タイトルSolution structure of synthetic 21mer peptide spanning region 135-155 (in human numbering) of sheep prion protein
要素Major prion protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / prion / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / tubulin binding / protein homooligomerization / microtubule binding / copper ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Molecular dynamics with AMBER99 all-atom force field parameters by using the variable target function approach in the torsion angle space with the standard geometry of amino acids, peptide bonds.
データ登録者Kozin, S.A. / Lepage, C. / Hui Bon Hoa, G. / Rabesona, H. / Mazur, A.K. / Blond, A. / Cheminant, M. / Haertle, T. / Debey, P. / Rebuffat, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Specific recognition between surface loop 2 (132-143) and helix 1 (144-154) within sheep prion protein from in vitro studies of synthetic peptides
著者: Kozin, S.A. / Lepage, C. / Hui Bon Hoa, G. / Rabesona, H. / Mazur, A.K. / Blond, A. / Cheminant, M. / Haertle, T. / Debey, P. / Rebuffat, S.
履歴
登録2004年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7431
ポリマ－2,7431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000The submitted conformer models are the 20 structures with the least restraint violations and the lowestt energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Major prion protein / PrP


分子量: 2742.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide has been chemically synthesized. The sequence occurs naturally in sheep.
参照: UniProt: P23907

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 5 mM / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: nd / pH: 2.3 / 圧: ambient / 温度: 324 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3Brukercollection
AURELIA2.5.9Bruker解析
ICMDy2.3Mazur, A.K.構造決定
ICMDy2.3Mazur, A.K.精密化
精密化手法: Molecular dynamics with AMBER99 all-atom force field parameters by using the variable target function approach in the torsion angle space with the standard geometry of amino acids, peptide bonds.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 134 NOE-derived distance constraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the least restraint violations and the lowestt energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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