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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s4q | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Guanylate Kinase from Mycobacterium tuberculosis (Rv1389) | ||||||
![]() | Guanylate kinase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() GMP binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chan, S. / Sawaya, M.R. / Perry, L.J. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Guanylate Kinase from Mycobacterium tuberculosis 著者: Chan, S. / Sawaya, M.R. / Perry, L.J. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24286.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: GMK, RV1389, MT1434, MTCY21B4.06, MB1424 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5I4, UniProt: P9WKE9*PLUS, ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() | ||
#3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium formate, glycerol, Tris, sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月5日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.16→79.06 Å / Num. all: 12112 / Num. obs: 12112 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.91 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 36.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / Num. unique all: 1270 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.464 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→79.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.159→2.216 Å / Total num. of bins used: 20 /
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