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万見
- PDB-1s4f: Crystal Structure of RNA-dependent RNA polymerase construct 2 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4f
タイトルCrystal Structure of RNA-dependent RNA polymerase construct 2 from bovine viral diarrhea virus (BVDV)
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードREPLICATION / RNA BINDING PROTEIN / Polymerase / RNA synthesis / primer independent initiation / de novo initiation / bovine viral diarrhea virus / BVDV
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine receptor binding / pestivirus NS3 polyprotein peptidase / ribonuclease T2 / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / viral genome packaging / RNA strand annealing activity / host cell cytoplasmic vesicle ...dopamine receptor binding / pestivirus NS3 polyprotein peptidase / ribonuclease T2 / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / viral genome packaging / RNA strand annealing activity / host cell cytoplasmic vesicle / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / GTP binding / virion attachment to host cell / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cleavage inducing molecular chaperone, Jiv / : / Cleavage inducing molecular chaperone / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase ...Cleavage inducing molecular chaperone, Jiv / : / Cleavage inducing molecular chaperone / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain D / Pestivirus NS3 polyprotein peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Peptidase C53, pestivirus Npro, interaction domain / Peptidase C53, pestivirus Npro / Pestivirus Npro endopeptidase C53 / Pestivirus N-terminal protease Npro domain profile. / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine viral diarrhea virus 1 (ウシウイルス性下痢ウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Choi, K.H. / Groarke, J.M. / Young, D.C. / Kuhn, R.J. / Smith, J.L. / Pevear, D.C. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: The structure of the RNA-dependent RNA polymerase from bovine viral diarrhea virus establishes the role of GTP in de novo initiation.
著者: Choi, K.H. / Groarke, J.M. / Young, D.C. / Kuhn, R.J. / Smith, J.L. / Pevear, D.C. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2004年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,7874
ポリマ－275,7874
非ポリマー00
水00
1
A: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9471
ポリマ－68,9471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9471
ポリマ－68,9471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9471
ポリマ－68,9471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9471
ポリマ－68,9471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8942
ポリマ－137,8942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PISA, PQS
6
C: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8942
ポリマ－137,8942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area50250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)412.271, 412.271, 95.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The asymmetric unit contains four copies of the biological unit

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要素

#1: タンパク質
RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 68946.820 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 79-679 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine viral diarrhea virus 1 (ウシウイルス性下痢ウイルス 1)
属: Pestivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19711
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 105317 / Num. obs: 105317 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→29.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 246295.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 8684 10 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 86899 91.2 %-
all-86899 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.1504 Å2 / ksol: 0.334773 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.47 Å213.02 Å20 Å2
2---6.47 Å20 Å2
3---12.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18714 0 0 0 18714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 1321 9.9 %
Rwork0.355 11974 -
obs--84.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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