PDB-1s4a: NMR Structure of a D,L alternating decamer of norleucine: double ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s4a

タイトル

NMR Structure of a D,L alternating decamer of norleucine: double antiparallel beta-helix

要素

HCO-(D-Nle-L-Nle)3-D-MeNle-L-Nle-D-Nle-L-Nle-OMe

キーワード

DE NOVO PROTEIN / D / L-alternating / norleucine / Beta-helix / Gramicidin

機能・相同性

HCO-(D-NLE-L-NLE)3-D-MENLE-L-NLE-D-NLE-L-NLE-OME

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Navarro, E. / Fenude, E. / Celda, B.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004
タイトル: Conformational and structural analysis of the equilibrium between single- and double-strand beta-helix of a D,L-alternating oligonorleucine.
著者: Navarro, E. / Fenude, E. / Celda, B.

履歴

登録	2004年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年9月19日	Group: Structure summary
改定 1.4	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.5	2022年2月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s4a.cif.gz	45 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s4a.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s4a_validation.pdf.gz	320.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s4a_full_validation.pdf.gz	333.2 KB	表示
XML形式データ	1s4a_validation.xml.gz	3.9 KB	表示
CIF形式データ	1s4a_validation.cif.gz	4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r9v 1s1o
類似構造データ	1w3m-3 2dde-d 6y1q-d 1w3m-1 6dza-d 7jvf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HCO-(D-Nle-L-Nle)3-D-MeNle-L-Nle-D-Nle-L-Nle-OMe

B: HCO-(D-Nle-L-Nle)3-D-MeNle-L-Nle-D-Nle-L-Nle-OMe

2.41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	HCO-(D-Nle-L-Nle)3-D-MeNle-L-Nle-D-Nle-L-Nle-OMe タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1205.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemimcally synthesized. / 参照: HCO-(D-NLE-L-NLE)3-D-MENLE-L-NLE-D-NLE-L-NLE-OME

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	ROESY
1	3	1	HSQC

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: HXMe 5mM / 溶媒系: d-chloroform
試料状態	圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Discover	2.9.7	BIOSYM	構造決定
XwinNMR		Bruker	collection
Discover	2.9.7	BIOSYM	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: This structures are based on a total of 130 distance restraints, where 80 are between backbone protons.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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