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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s47 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of the DNA quadruplex d(TGGGGT)S2 | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / QUADRUPLEX DNA / THYMINE TRIADS AND TETRADS / THALLIUM | 機能・相同性 | THALLIUM (I) ION / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A. | ![]() ![]() タイトル: A Thymine tetrad in d(TGGGGT) quadruplexes stabilized with Tl+1/Na+1 ions 著者: Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1s45SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1880.251 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Tetrahymena. #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-TL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.5 詳細: PEG 400, sodium cacodylate, magnesium chloride, spermine, tetrahydrochlorhide, thallium acetate, lysine-anthraquinone, d(TGGGGT), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 10915 / 冗長度: 5.43 % / Biso Wilson estimate: 6.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 97.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.43 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1S45 解像度: 2.5→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 498502.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: FRIEDEL PAIRS ARE NOT MERGED IN THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS FOR DATA COLLECTION
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.32 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 8562 / Num. reflection Rfree: 892 / % reflection Rfree: 8.2 % / Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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