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- PDB-1s47: Crystal structure analysis of the DNA quadruplex d(TGGGGT)S2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s47
タイトルCrystal structure analysis of the DNA quadruplex d(TGGGGT)S2
要素5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / QUADRUPLEX DNA / THYMINE TRIADS AND TETRADS / THALLIUM
機能・相同性THALLIUM (I) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: A Thymine tetrad in d(TGGGGT) quadruplexes stabilized with Tl+1/Na+1 ions
著者: Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A.
履歴
登録2004年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
I: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
J: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
K: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
L: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,95025
ポリマ－22,56312
非ポリマー1,38713
水1,54986
1
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9768
ポリマ－7,5214
非ポリマー4554
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8179
ポリマ－7,5214
非ポリマー2965
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
J: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
K: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
L: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1578
ポリマ－7,5214
非ポリマー6364
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.319, 56.341, 51.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Tetrahymena.
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: PEG 400, sodium cacodylate, magnesium chloride, spermine, tetrahydrochlorhide, thallium acetate, lysine-anthraquinone, d(TGGGGT), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2sodium cacodylate11
3magnesium chloride11
4spermine11
5tetrahydrochlorhide11
6thallium acetate11
7lysine-anthraquinone11
8H2O11
9PEG 40012
10magnesium chloride12
11thallium acetate12
12sodium cacodylate12
13H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMsodium cacodylate1droppH6.5
230 mM1dropMgCl2
31 mMspermine 4HCl1drop
40.25 mMThallium acetate1drop
520000 nMlysine-anthraquinone1drop
60.5 mMd(TGGGGT)1drop
72.5 %(v/v)PEG4001drop
825 %(v/v)PEG4001reservoir
91
101
111
121
131

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 10915 / 冗長度: 5.43 % / Biso Wilson estimate: 6.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.43 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S45

1s45


解像度: 2.5→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 498502.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: FRIEDEL PAIRS ARE NOT MERGED IN THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS FOR DATA COLLECTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 446 10.4 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 4281 79 %-
all-10915 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.32 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.16 Å20 Å22.95 Å2
2--15.31 Å20 Å2
3----2.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1432 13 86 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 126 12.7 %
Rwork0.239 434 -
obs--55.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8562 / Num. reflection Rfree: 892 / % reflection Rfree: 8.2 % / Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0045
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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