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万見
- PDB-1s3a: NMR Solution Structure of Subunit B8 from Human NADH-Ubiquinone O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s3a
タイトルNMR Solution Structure of Subunit B8 from Human NADH-Ubiquinone Oxidoreductase Complex I (CI-B8)
要素NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / CI-B8 / NDUFA2 / Complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / blastocyst hatching / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / Mitochondrial protein degradation ...Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / blastocyst hatching / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated anealing
データ登録者Brockmann, C. / Diehl, A. / Rehbein, K. / Kuhne, R. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The oxidized subunit B8 from human complex I adopts a thioredoxin fold.
著者: Brockmann, C. / Diehl, A. / Rehbein, K. / Strauss, H. / Schmieder, P. / Korn, B. / Kuhne, R. / Oschkinat, H.
履歴
登録2004年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1951
ポリマ－11,1951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit / Complex I-B8 / CI-B8


分子量: 11194.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDUFA2 / プラスミド: pDEST17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O43678, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1233D 13C-separated NOESY
1332D NOESY
1423D 13C-separated NOESY
1533D 13C methyl selective NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2U-15N, U-13C, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
3U-15N, U-13C, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM phosphate, 50mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Brukercollection
Sparky3.1T.D.Goddard and D.G.Knellerデータ解析
CYANAGunther, T.データ解析
CNS1Brunger, A.精密化
精密化手法: simulated anealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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