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万見
- PDB-1s2u: Crystal structure of the D58A phosphoenolpyruvate mutase mutant p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s2u
タイトルCrystal structure of the D58A phosphoenolpyruvate mutase mutant protein
要素Phosphoenolpyruvate phosphomutase
キーワードISOMERASE / phosphoenolpyruvate mutase / PEP mutase / phosphonopyruvate / phosphonate biosynthesis pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate mutase / phosphoenolpyruvate mutase activity / organic phosphonate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate phosphomutase, core / Phosphoenolpyruvate phosphomutase / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phosphoenolpyruvate phosphomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mytilus edulis (ムラサキイガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, S. / Lu, Z. / Han, Y. / Jia, Y. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Conformational Flexibility of PEP Mutase
著者: Liu, S. / Lu, Z. / Han, Y. / Jia, Y. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2004年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THEIR SEQUENCE IS CORRECT AT THE POSITIONS WHERE IT CONFLICTS ...SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THEIR SEQUENCE IS CORRECT AT THE POSITIONS WHERE IT CONFLICTS WITH THE SWISS PROT SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
B: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0334
ポリマ－65,8212
非ポリマー2122
水10,233568
1
A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
B: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
B: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0668
ポリマ－131,6414
非ポリマー4244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area22810 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area39120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.537, 119.746, 88.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological assembly is a tetramer which can be generated from the dimer by the operation: -x+1, y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate phosphomutase / Phosphoenolpyruvate mutase / PEP mutase / PEP phosphomutase


分子量: 32910.336 Da / 分子数: 2 / 変異: D58A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mytilus edulis (ムラサキイガイ)
プラスミド: PET3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56839, phosphoenolpyruvate mutase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, Glycerol, HEPES, MgCl2, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36902 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.48 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1pym

1pym


解像度: 2→27.7 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3317 -random
Rwork0.165 ---
obs0.171 33155 84.6 %-
all-39213 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 14 568 5115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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