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- PDB-1s2m: Crystal Structure of the DEAD box protein Dhh1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s2m
タイトルCrystal Structure of the DEAD box protein Dhh1p
要素Putative ATP-dependent RNA helicase DHH1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ATP-binding / RNA-binding / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


invasive filamentous growth / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / negative regulation of translational elongation / cytoplasmic side of membrane / filamentous growth / P-body assembly ...invasive filamentous growth / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / negative regulation of translational elongation / cytoplasmic side of membrane / filamentous growth / P-body assembly / cellular response to nitrogen starvation / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / stress granule assembly / positive regulation of translation / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / mRNA binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DHH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cheng, Z. / Song, H.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2005
タイトル: Crystal structure and functional analysis of DEAD-box protein Dhh1p.
著者: Cheng, Z. / Coller, J. / Parker, R. / Song, H.
履歴
登録2004年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent RNA helicase DHH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2681
ポリマ－45,2681
非ポリマー00
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.210, 80.410, 54.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative ATP-dependent RNA helicase DHH1 / Dead box RNA Helicase Dhh1p


分子量: 45268.289 Da / 分子数: 1 / 断片: core RNA Helicase fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DHH1, YDL160C / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Ril / 参照: UniProt: P39517
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MES, Potassium bromide, PEG400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9195, 0.9198, 0.9134
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91951
20.91981
30.91341
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 24039 / Num. obs: 23923 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.12→2.22 Å / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.067 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.189
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23356 1204 5 %RANDOM
Rwork0.20049 ---
obs0.20216 22719 99.52 %-
all-24039 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.97 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 0 253 3261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0851.9644137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76336696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4765376
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.23319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.51878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18423050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58131185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.784.51087
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.236 85
Rwork0.203 1628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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