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- PDB-1s2e: BACTERIOPHAGE T4 GENE PRODUCT 9 (GP9), THE TRIGGER OF TAIL CONTRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s2e
タイトルBACTERIOPHAGE T4 GENE PRODUCT 9 (GP9), THE TRIGGER OF TAIL CONTRACTION AND THE LONG TAIL FIBERS CONNECTOR, ALTERNATIVE FIT OF THE FIRST 19 RESIDUES
要素Baseplate structural protein Gp9
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE T4 / BASEPLATE / GENE PRODUCT 9 / OLIGOMERIZATION / VIRUS/VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage t4 gene product 9 (gp9) / gp9 / 4-oxalocrotonate tautomerase-like / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal ...Bacteriophage t4 gene product 9 (gp9) / gp9 / 4-oxalocrotonate tautomerase-like / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein gp9
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kostyuchenko, V.A. / Navruzbekov, G.A. / Kurochkina, L.P. / Strelkov, S.V. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The Structure of Bacteriophage T4 Gene Product 9: The Trigger for Tail Contraction
著者: Kostyuchenko, V.A. / Navruzbekov, G.A. / Kurochkina, L.P. / Strelkov, S.V. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2004年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate structural protein Gp9
B: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5264
ポリマ－62,0492
非ポリマー4772
水5,260292
1
A: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子

A: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子

A: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7896
ポリマ－93,0743
非ポリマー7153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18170 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
2
B: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子

B: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子

B: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7896
ポリマ－93,0743
非ポリマー7153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area33550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.330, 94.330, 440.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49937, 0.86639, 0.00032), (0.86639, 0.49937, -0.00029), (-0.00041, 0.00013, -1)
ベクター: 0.02251, -0.00543, 195.82069)

-
要素

#1: タンパク質 Baseplate structural protein Gp9 / Baseplate wedge protein 9


分子量: 31024.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 9 / プラスミド: PET-23D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10927
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 28% PEG400, 0.2M CACL2, HEPES-NA BUFFER, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 33400 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SnB位相決定
CCP4モデル構築
CNS0.5精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 5466890.49 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1637 4.9 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 33400 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.78 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.86 Å22.29 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----5.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4350 0 30 292 4672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 223 5.5 %
Rwork0.28 3853 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEPES.PARAMHEPES.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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