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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s1k | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | INFLUENCE OF GROOVE INTERACTIONS ON DNA HOLLIDAY JUNCTION FORMATION | |||||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / 2 / 6-Diaminopurine / Minor groove interactions | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Hays, F.A. / Watson, J. / Ho, P.S. | ![]() ![]() タイトル: Influence of minor groove substituents on the structure of DNA holliday junctions. 著者: Hays, F.A. / Jones, Z.J. / Ho, P.S. 履歴 |
Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE FULL BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO STRANDS FORMING A B-DNA DUPLEX STRUCTURE. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). | |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3060.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5mM TRIS(HCl), 23mM CaAcetate, 16% MPD, .6mM DNA against 28% MPD at RT, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月8日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING) |
放射 | モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→17.5 Å / Num. all: 2528 / Num. obs: 2528 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / % possible all: 72.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P4Z 解像度: 1.9→17.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 29235.77 / Data cutoff high rms absF: 29235.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.069 / Total num. of bins used: 6
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