PDB-1s04: Solution NMR Structure of Protein PF0455 from Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s04

タイトル

Solution NMR Structure of Protein PF0455 from Pyrococcus furiosus. Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR13

要素

hypothetical protein PF0455

キーワード

Structural genomics / unknown function / PfR13 / PF0455 / Reduced-dimensionality / GFT / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / protein structure initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

liu, G. / Xiao, R. / Sukumaran, D.K. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure Of The Hypothetical Protein PF0455 From Pyrococcus furiosus: Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR13
著者: liu, G. / Xiao, R. / Sukumaran, D.K. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.

履歴

登録	2003年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s04.cif.gz	725.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s04.ent.gz	607.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nz0-3 1eal-d 4zgu-2 2cw4-d 1nz0-2 6oo8-2 3quw-d 4zgu-1 4c79-2 6h64-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6045Chemical Shifts and Structural Constraints TargetDB: PfR13

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein PF0455

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	hypothetical protein PF0455 分子量: 13179.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0455 / プラスミド: pPfR13-21.2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U3L1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA
1	4	1	3D RD HCCHCOSY
1	5	1	GFT (4,3)D HNNCACBCA
1	6	1	GFT (4,3)D HNN(CO)CACBCA

-
試料調製

詳細	内容: 20 mM MES, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN3, 95% H2O/5% D2O, protein U-15N,13C 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert	精密化
XEASY	1.3	Bartels	データ解析
NMRPipe	1	Delaglio	解析

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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