[日本語] English
万見
- PDB-1eal: NMR STUDY OF ILEAL LIPID BINDING PROTEIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eal
タイトルNMR STUDY OF ILEAL LIPID BINDING PROTEIN
要素ILEAL LIPID BINDING PROTEIN
キーワードFATTY ACID BINDING PROTEIN / INTRACELLULAR LIPID BINDING PROTEIN / BILE ACID BINDING / ILEAL EPITHELIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Luecke, C. / Zhang, F. / Rueterjans, H. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Flexibility is a likely determinant of binding specificity in the case of ileal lipid binding protein.
著者: Lucke, C. / Zhang, F. / Ruterjans, H. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Three-Dimensional Structure of Bovine Heart Fatty-Acid-Binding Protein with Bound Palmitic Acid, Determined by Multidimensional NMR Spectroscopy
著者: Lassen, D. / Lucke, C. / Kveder, M. / Mesgarzadeh, A. / Schmidt, J.M. / Specht, B. / Lezius, A. / Spener, F. / Ruterjans, H.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Developmental and Structural Studies of an Intracellular Lipid Binding Protein Expressed in the Ileal Epithelium
著者: Sacchettini, J.C. / Hauft, S.M. / Van Camp, S.L. / Cistola, D.P. / Gordon, J.I.
履歴
登録1996年8月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ILEAL LIPID BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0941
ポリマ－14,0941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 5LOWEST VIOLATION OF EXPERIMENTAL DISTANCE CONSTRAINTS
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 ILEAL LIPID BINDING PROTEIN / GASTROTROPIN


分子量: 14093.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 5.0, 310K, APO FORM / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 組織: ILEAL EPITHELIUM / 細胞株: BL21 / 器官: INTESTINE / プラスミド: PET-3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10289

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131COSY

-
試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SYBYL5.2TRIPOS ASSOCIATES精密化
DIANA構造決定
SYBYL構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST VIOLATION OF EXPERIMENTAL DISTANCE CONSTRAINTS
計算したコンフォーマーの数: 5 / 登録したコンフォーマーの数: 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る