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- PDB-1rzs: Solution structure of P22 Cro -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzs
タイトルSolution structure of P22 Cro
要素Regulatory protein cro
キーワードTRANSCRIPTION / HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING PROTEIN / STRUCTURAL EVOLUTION
機能・相同性DNA-binding transcriptional regulator Cro / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Regulatory protein cro
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Newlove, T. / Konieczka, J.H. / Cordes, M.H.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Secondary structure switching in Cro protein evolution.
著者: Newlove, T. / Konieczka, J.H. / Cordes, M.H.
履歴
登録2003年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein cro


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8381
ポリマ－6,8381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 30agreement with distance and angle restraints; two structures were also eliminated due to high energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein cro / Antirepressor


分子量: 6837.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 遺伝子: CRO / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P09964

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
122HNHA
132HNHB
1423D 15N-separated NOESY
1533D 13C-separated NOESY
164hydrogen exchange

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
16 mM P22 Cro, 50 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
23.5 mM P22 Cro U-15N, 50 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
32.75 mM P22 Cro U-15N, 13C, 50 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
43.5 mM P22 Cro U-15N, 50 mM sodium phosphate buffer, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM sodium phosphate 6.4ambient 293 K
250 mM sodium phosphate 6.4ambient 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Brukercollection
NMRPipeF. Delaglio et al解析
NMRView4.1.3B. Johnsonデータ解析
CNS1.1A. Brunger et al構造決定
CNS1.1A. Brunger et al精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 30 structures were calculated using 916 NOE-derived distance restraints, 10 hydrogen bond distance restraints, 41 phi angle restraints and 5 chi1 angle restraints. 23 of 30 calculated ...詳細: 30 structures were calculated using 916 NOE-derived distance restraints, 10 hydrogen bond distance restraints, 41 phi angle restraints and 5 chi1 angle restraints. 23 of 30 calculated structures were initially accepted based on no distance restraint violations greater than 0.4 angstroms and no angle restraint violations greater than 5 degrees. Of the 23, 2 were eliminated for having significantly higher energy than the others, leaving 21 structures in the final ensemble. The ordered region of the structure includes residues 1-57. Pairwise RMSDs for the ordered region were 0.53 A (backbone atoms) and 1.29 A (all heavy atoms). None of the backbone angles in the ordered region of any ensemble member fell outside the most favorable and additionally allowed regions of a Ramachandran plot.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: agreement with distance and angle restraints; two structures were also eliminated due to high energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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