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- PDB-1rzr: crystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzr
タイトルcrystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA complex
要素
  • (Glucose-resistance amylase ...) x 2
  • 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
  • Phosphocarrier protein HPr
キーワードtranscription/transport protein/DNA / protein-DNA complex / phospho-protein / transcription-transport protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / : / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily ...Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / : / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphocarrier protein HPr / Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Allen, G.S. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural basis for allosteric control of the transcription regulator CcpA by the phosphoprotein HPr-Ser46-P.
著者: Schumacher, M.A. / Allen, G.S. / Diel, M. / Seidel, G. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2003年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
R: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
G: Glucose-resistance amylase regulator
C: Glucose-resistance amylase regulator
A: Glucose-resistance amylase regulator
D: Glucose-resistance amylase regulator
T: Phosphocarrier protein HPr
L: Phosphocarrier protein HPr
Y: Phosphocarrier protein HPr
S: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,71421
ポリマ－204,99312
非ポリマー7219
水1,56787
1
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
R: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
G: Glucose-resistance amylase regulator
C: Glucose-resistance amylase regulator
T: Phosphocarrier protein HPr
L: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,00011
ポリマ－102,5206
非ポリマー4805
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
A: Glucose-resistance amylase regulator
D: Glucose-resistance amylase regulator
Y: Phosphocarrier protein HPr
S: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,71410
ポリマ－102,4736
非ポリマー2414
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.710, 109.240, 117.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 HERB

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4916.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4880.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
Glucose-resistance amylase ... , 2種, 4分子 GCAD

#3: タンパク質 Glucose-resistance amylase regulator / Catabolite control protein


分子量: 37154.598 Da / 分子数: 3 / Fragment: transcriptional regulator / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: CCPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46828
#4: タンパク質 Glucose-resistance amylase regulator / Catabolite control protein


分子量: 37107.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: CCPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46828

-
タンパク質 , 1種, 4分子 TLYS

#5: タンパク質
Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9207.212 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: PTSH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O69250

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulphate11
2H2O11
3ammonium sulphate12
4H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 / 波長: 0.9794, 0.9184, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月2日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97941
30.91841
40.97961
反射解像度: 2.8→78.7 Å / Num. all: 57469 / Num. obs: 57469 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→78.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1722050 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 5845 10.2 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 54639 86.8 %-
all-57480 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 92.4635 Å2 / ksol: 0.367497 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.45 Å20 Å20 Å2
2--49.03 Å20 Å2
3----19.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→78.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12770 1300 37 87 14194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.542.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 635 10.5 %
Rwork0.398 5401 -
obs--55 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP-NPROTEIN-NEWSE
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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