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万見
- PDB-1ryx: Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryx
タイトルCrystal structure of hen serum transferrin in apo- form
要素Ovotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / Hen serum transferrin / Apo- form / Domain Orientation
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide / early endosome / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II ...Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dattagupta, J.K. / Thakurta, P.G. / Choudhury, D. / Dasgupta, R.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Tertiary structural changes associated with iron binding and release in hen serum transferrin: a crystallographic and spectroscopic study
著者: Thakurta, P.G. / Choudhury, D. / Dasgupta, R. / Dattagupta, J.K.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: Structure of Diferric hen Serum Transferrin at 2.8 A Resolution
著者: Guha Thakurta, P. / Choudhury, D. / Dasgupta, R. / Dattagupta, J.K.
履歴
登録2003年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ovotransferrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9291
ポリマ－75,9291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.295, 90.295, 177.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ovotransferrin / Conalbumin / Allergen Gal d 3 / Gal d III / Serum transferrin


分子量: 75929.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: hen serum / 参照: UniProt: P02789

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 18-23% PEG 6000 in 0.02M sodium acetate buffer, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: Osmic MaxFlux Confocal Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. all: 55815 / Num. obs: 10753 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.453

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIV

1aiv


解像度: 3.5→19.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 4475883.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE RESIDUES WHOSE SIDE CHAINS COULD NOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP WERE KEPT AS ALANINE, HOWEVER, THE RESIDUE NAMES REMAIN UNALTERED IN THIS PDB FILE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.341 444 5.2 %RANDOM
Rwork0.283 ---
obs0.283 8604 88.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å20 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----5.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.75 Å0.58 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 0 0 4657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 75 5.3 %
Rwork0.342 1340 -
obs--90.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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