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万見
- PDB-1ryg: Three dimensional solution structure of the R29A MUTANT of sodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryg
タイトルThree dimensional solution structure of the R29A MUTANT of sodium channels inhibitor HAINANTOXIN-IV by 2D 1H-NMR
要素Hainantoxin-IV
キーワードTOXIN / Neurotoxin / Inhibitor cystine knot motif
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Mu-theraphotoxin-Hhn1b 1 / Mu-theraphotoxin-Hhn1b 1
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Li, D. / Lu, S. / Gu, X. / Liang, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure--activity relationships of hainantoxin-IV and structure determination of active and inactive sodium channel blockers
著者: Li, D. / Xiao, Y. / Xu, X. / Xiong, X. / Lu, S. / Liu, Z. / Zhu, Q. / Wang, M. / Gu, X. / Liang, S.
#1: ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sinica / 年: 2002
タイトル: Synthesis and Oxidative Refolding of Hainantoxin-Iv
著者: Liu, Z.H. / Chen, P. / Liang, S.P.
#2: ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2003
タイトル: Isolation and characterization of hainantoxin-IV, a novel antagonist of tetrodotoxin-sensitive sodium channels from the Chinese bird spider Selenocosmia hainana
著者: Liu, Z. / Dai, J. / Chen, Z. / Hu, W. / Xiao, Y. / Liang, S.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hainantoxin-IV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9141
ポリマ－3,9141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #13lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Hainantoxin-IV / HnTx-IV


分子量: 3913.513 Da / 分子数: 1 / 変異: R29A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized using standard fmoc chemistry. / 参照: UniProt: P83471, UniProt: D2Y232*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: this structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 5.0mM / 溶媒系: 20mM deuterium acetic acid BU, 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 20 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
Felix98解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 366 NOE- derived distance constraints, 15 dihedral angle restraints, 9 fake distance restraints from disulfide bonds and 12 hydrogen- bond constrains.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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