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万見
- PDB-1ry4: NMR Structure of the CRIB-PDZ module of Par-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ry4
タイトルNMR Structure of the CRIB-PDZ module of Par-6
要素CG5884-PA
キーワードCELL ADHESION / PDZ / CRIB / Cdc-42 / Cell Polarization / Polarity adaptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / establishment of neuroblast polarity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Asymmetric localization of PCP proteins ...RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / establishment of neuroblast polarity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Asymmetric localization of PCP proteins / RHOU GTPase cycle / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / muscle cell postsynaptic specialization / border follicle cell migration / PAR polarity complex / asymmetric neuroblast division / zonula adherens / apical cortex / morphogenesis of a polarized epithelium / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical protein localization / positive regulation of smoothened signaling pathway / centrosome cycle / positive regulation of filopodium assembly / protein kinase inhibitor activity / bicellular tight junction / synapse assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / terminal bouton / apical part of cell / cell cortex / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Peterson, F.C. / Penkert, R.R. / Volkman, B.F. / Prehoda, K.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Cdc42 Regulates the Par-6 PDZ Domain through an Allosteric CRIB-PDZ Transition.
著者: Peterson, F.C. / Penkert, R.R. / Volkman, B.F. / Prehoda, K.E.
履歴
登録2003年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG5884-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7601
ポリマ－13,7601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #3closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CG5884-PA


分子量: 13759.750 Da / 分子数: 1 / 断片: CRIB-PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Par-6 / プラスミド: pBH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18860099, UniProt: O97111*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1313D 13C-separated aromatic NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Par-6 U-15C,13C, 20mM phosphate buffer, 0.05% sodium azide90% H2O/10% D2O
20.5mM Par-6 U-15, 20mM phosphate buffer, 0.05% sodium azide90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM sodium chloride / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Bruker Instrumentscollection
NMRPipe97.027.12.56Frank Delaglio解析
XEASY1.3.13Christian Bartelsデータ解析
GARANT2.1Christian Bartelsデータ解析
CYANA1.0.6Peter Guntert構造決定
XPLOR-NIH2.0.6Axel Brunger and Marius Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1703 restraints, 1564 are NOE-derived distance constraints, 139 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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