[日本語] English
万見
- PDB-1rxl: Solution structure of the engineered protein Afae-dsc -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxl
タイトルSolution structure of the engineered protein Afae-dsc
要素Afimbrial adhesin AFA-III
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / AfaE / DAF / Afimbrial sheath / DAEC / UPEC / Ig-like domain / donor strand complemented
機能・相同性
機能・相同性情報


Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Afimbrial adhesin AFA-III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / ARIA-implemented distance geometry, simulated annealing
データ登録者Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / du Merle, L. / Barlow, P.N. ...Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: An atomic resolution model for assembly, architecture, and function of the Dr adhesins.
著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A. / Nowicki, B. / Le ...著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Afimbrial adhesin AFA-III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9531
ポリマ－16,9531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 Afimbrial adhesin AFA-III / AfaE-dsc / AFA-III / afaE-3


分子量: 16952.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: afae3 / プラスミド: pRSETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q57254

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細内容: 1mM AfaE-dsc U-15N,13C; 50mM Acetate buffer pH5 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.3M / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Bruker Biospincollection
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRView4Johnson, Blevinsデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges精密化
精密化手法: ARIA-implemented distance geometry, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: Structure based on 4099 NOE-based restraints (2557 unambiguous, 1542 ambiguous) and 116 torsion angles (talos)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る