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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ruy | |||||||||
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タイトル | 1930 Swine H1 Hemagglutinin | |||||||||
![]() | (hemagglutinin) x 2 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / INFLUENZA A VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and receptor binding properties of the 1918 influenza hemagglutinin. 著者: Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. / Elliot, A. / Wiley, D.C. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | The sequence of this protein is not available in any reference sequence database. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 243.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36120.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bromelain Digestion 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A-SWINE-IOWA-15-30 (H1N1) / 参照: UniProt: Q82500, UniProt: Q9WCD9*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18223.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bromelain Digestion 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A-SWINE-IOWA-15-30 (H1N1) / 参照: UniProt: P88836, UniProt: P18875*PLUS #3: 糖 | ChemComp-NDG / #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Peg5K MME, TrisHCl, Sodium citrate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 78725 / Num. obs: 73352 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 68.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1RU7 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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