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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rtu | ||||||
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タイトル | USTILAGO SPHAEROGENA RIBONUCLEASE U2 | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE U2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ENDORIBONUCLEASE / BETA-ISOMERIZED ASPARTATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease U2 / ribonuclease U2 activity / lyase activity / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Noguchi, S. / Satow, Y. / Uchida, T. / Sasaki, C. / Matsuzaki, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Ustilago sphaerogena ribonuclease U2 at 1.8 A resolution. 著者: Noguchi, S. / Satow, Y. / Uchida, T. / Sasaki, C. / Matsuzaki, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rntS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12392.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ASP 45 IS ISOMERIZED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: CRYSTALS WERE PREPARED BY HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD AT 293 KELVIN FROM A 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION CONTAINING 15 MG/ML 2'-DEOXY 2'-FLUORO ADENYLYL-3',5'-CYTIDINE, 0.4M AMMONIUM ...詳細: CRYSTALS WERE PREPARED BY HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD AT 293 KELVIN FROM A 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION CONTAINING 15 MG/ML 2'-DEOXY 2'-FLUORO ADENYLYL-3',5'-CYTIDINE, 0.4M AMMONIUM SULFATE, EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR OF 0.9M AMMONIUM SULFATE CONTAINING 0.1M ACETATE BUFFER (PH 4.5)., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 284 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年5月22日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→12 Å / Num. obs: 9903 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0342 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / % possible all: 86.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RNASE T1 (PDB ENTRY 1RNT) 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |