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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rti | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HIV-1 RT FROM FOUR RT-INHIBITOR COMPLEXES | ||||||
![]() | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
![]() | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. / Stammers, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution structures of HIV-1 RT from four RT-inhibitor complexes. 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. #1: ![]() タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R. / Ren, J. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #2: ![]() タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 Angstrom Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J.S. / Esnouf, R.M. / Garman, E.F. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 226 / 2: CIS PROLINE - PRO A 421 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-HEF / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % | |||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.882 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 20390 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 8.04 % / Rmerge(I) obs: 0.123 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 163954 / Rmerge(I) obs: 0.123 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→25 Å / σ(F): 0 詳細: DUE TO THE LOWER RESOLUTION OF THE DATA, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 20 ANGSTROMS FROM THE CA ATOM OF TYR 188) WERE TIGHTLY RESTRAINED TO THEIR ...詳細: DUE TO THE LOWER RESOLUTION OF THE DATA, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 20 ANGSTROMS FROM THE CA ATOM OF TYR 188) WERE TIGHTLY RESTRAINED TO THEIR POSITION IN THE STRUCTURE OF RT AND 1051U91 COMPLEX, AND STRONG STEREOCHEMICAL RESTRAINTS WERE EMPLOYED IN THE REFINEMENT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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