[日本語] English
万見
- PDB-1rt8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIN-CROSSLINKING CORE OF SCHIZOSACCHAR... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rt8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIN-CROSSLINKING CORE OF SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE FIMBRIN
要素fimbrin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Filamentous Actin Binding Domain (ABD) / Calponin Homology / Actin-Crosslinking
機能・相同性
機能・相同性情報


actomyosin contractile ring organization / actin body / formin-nucleated actin cable organization / mitotic actomyosin contractile ring, distal actin filament layer / actin cortical patch organization / medial cortex / actin cortical patch localization / actin filament network formation / actin cortical patch / cell division site ...actomyosin contractile ring organization / actin body / formin-nucleated actin cable organization / mitotic actomyosin contractile ring, distal actin filament layer / actin cortical patch organization / medial cortex / actin cortical patch localization / actin filament network formation / actin cortical patch / cell division site / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / actin filament / endocytosis / actin filament binding / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fimbrin/Plastin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily ...Fimbrin/Plastin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2 Å
データ登録者Klein, M.G. / Shi, W. / Ramagopal, U. / Tseng, Y. / Wirtz, D. / Kovar, D.R. / Staiger, C.J. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structure of the actin crosslinking core of fimbrin.
著者: Klein, M.G. / Shi, W. / Ramagopal, U. / Tseng, Y. / Wirtz, D. / Kovar, D.R. / Staiger, C.J. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2001
タイトル: Interactions among a fibrin, a capping protein, and an actin-depolymerizing factor in organization of the fission yeast actin cytoskeleton
著者: Nakano, K. / Satoh, K. / Morimatsu, A. / Ohnuma, M. / Mabuchi, I.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: fimbrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9326
ポリマ－57,4511
非ポリマー4805
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.243, 84.243, 150.819
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 fimbrin


分子量: 57451.445 Da / 分子数: 1 / 断片: Actin-Crosslinking Core, amino acids 108-614 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O59945
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 3300, MES, Lithium Sulfate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.9793
シンクロトロンAPS 19-BM20.9796
検出器
タイプID検出器日付
SBC-31CCD2003年3月12日
SBC-32CCD2003年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97961
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 42732 / Num. obs: 37818 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 65

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: PDB ENTRY 1PXY

1pxy


解像度: 2→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27 3477 RANDOM
Rwork0.237 --
all-42732 -
obs-34533 -
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 25 104 3783

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る