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万見
- PDB-1rrv: X-ray crystal structure of TDP-vancosaminyltransferase GtfD as a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rrv
タイトルX-ray crystal structure of TDP-vancosaminyltransferase GtfD as a complex with TDP and the natural substrate, desvancosaminyl vancomycin.
要素
  • DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
  • GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / GT-B / GLYCOSYLTRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / GLYCOPEPTIDE / VACOSAMYCIN / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


devancosaminyl-vancomycin vancosaminetransferase / vancomycin biosynthetic process / hexosyltransferase activity / lipid glycosylation / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 28, N-terminal domain / Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN / beta-D-glucopyranose / : / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Devancosaminyl-vancomycin vancosaminetransferase
類似検索 - 構成要素
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mulichak, A.M. / Lu, W. / Losey, H.C. / Walsh, C.T. / Garavito, R.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Vancosaminyltransferase Gtfd from the Vancomycin Biosynthetic Pathway: Interactions with Acceptor and Nucleotide Ligands
著者: Mulichak, A.M. / Lu, W. / Losey, H.C. / Walsh, C.T. / Garavito, R.M.
履歴
登録2003年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.62017年11月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD
B: GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD
C: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
D: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,63113
ポリマ－90,1124
非ポリマー1,5199
水9,008500
1
A: GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD
C: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8617
ポリマ－45,0562
非ポリマー8065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-33.2 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
2
B: GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD
D: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7696
ポリマ－45,0562
非ポリマー7144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.670, 64.120, 144.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is a monomer.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質 GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD


分子量: 43905.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
遺伝子: GTFD / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AFC7
#2: タンパク質・ペプチド DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN IS AN INTERMIDIATE IN VANCOMYCIN BIOSYNTHESIS. IT IS TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4.
由来: (天然) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00681, DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
詳細: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN IS AN INTERMIDIATE IN VANCOMYCIN BIOSYNTHESIS. IT IS TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4.
参照: DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 507分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細VANCOMYCIN DESVANCOSAMINYL IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, A MEMBER OF THE VANCOMYCIN FAMILY. THE ...VANCOMYCIN DESVANCOSAMINYL IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, A MEMBER OF THE VANCOMYCIN FAMILY. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A D-GLUCOSE HERE, DESVANCOSAMINYL ANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE LIGAND (HET) BGC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化pH: 7
詳細: NA,K PHOSPHATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→30 Å / Num. obs: 66022 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.96→2.04 Å / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PN3

1pn3


解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.252 2668 RANDOM
Rwork0.21 --
obs0.21 55329 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5975 0 92 500 6567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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