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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rrc | ||||||
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タイトル | T4 POLYNUCLEOTIDE KINASE BOUND TO 5'-GTC-3' SSDNA | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / KINASE / PHOSPHATASE / ALPHA/BETA / P-LOOP / SSDNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxynucleotide 3'-phosphatase / deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / phosphorylation / DNA repair / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recognition of DNA substrates by T4 bacteriophage polynucleotide kinase. 著者: Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 735.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 744.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x, -y+2, z; x, -y+2, -z+2 and -x, y, -z+2. |
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要素
-DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: DNA鎖 | 分子量: 877.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35234.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: PSET / プラスミド: PALL17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 47分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 40000, Potassium chloride, MES, Tris, ATP, DTT, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Galburt, E.A., (2002) Structure, 10, 1249. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→50 Å / Num. all: 16169 / Num. obs: 16169 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 77.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 4-5 / Num. measured all: 93604 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: protein chain A of PDB entry 1LTQ 解像度: 2.46→38.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 185620.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.8975 Å2 / ksol: 0.307955 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→38.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.46→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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