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- PDB-1rqm: SOLUTION STRUCTURE OF THE K18G/R82E ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rqm
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE K18G/R82E ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS THIOREDOXIN MUTANT
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN FOLD / Redox-active Center
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DINAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Leone, M. / Di Lello, P. / Ohlenschlager, O. / Pedone, E.M. / Bartolucci, S. / Rossi, M. / Di Blasio, B. / Pedone, C. / Saviano, M. / Isernia, C. / Fattorusso, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure and Backbone Dynamics of the K18G/R82E Alicyclobacillus acidocaldarius Thioredoxin Mutant: A Molecular Analysis of Its Reduced Thermal Stability.
著者: Leone, M. / Di Lello, P. / Ohlenschlager, O. / Pedone, E.M. / Bartolucci, S. / Rossi, M. / Di Blasio, B. / Pedone, C. / Saviano, M. / Isernia, C. / Fattorusso, R.
履歴
登録2003年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4851
ポリマ－11,4851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin / TRX


分子量: 11485.083 Da / 分子数: 1 / 変異: K18G,R82E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
遺伝子: TRXA / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P80579

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D-TOCSY-HSQC
1213D-NOESY-HSQC
131HNHA
141HNHB
1512D HSQC
1622D TOCSY
1722D NOESY
182DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM thioredoxin U-15N; 100mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM thioredoxin ; 100mM phosphate buffer NA; 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 6.0 / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY7501
Varian UNITYVarianUNITY6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASY1.3.13BARTELS ET AL.データ解析
DYANA1.5GUNTERT構造決定
OPAL2.6LUGINBUHL ET AL.精密化
VNMR6.1B解析
精密化手法: TORSION ANGLE DINAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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