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万見
- PDB-1rq5: Structural Basis for the Exocellulase Activity of the Cellobiohyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rq5
タイトルStructural Basis for the Exocellulase Activity of the Cellobiohydrolase CbhA from C. thermocellum
要素Cellobiohydrolase
キーワードHYDROLASE / Cellobiohydrolase / CbhA / EXOCELLULASE / FAMILY 9
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 ...Bacterial Ig domain / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schubot, F.D. / Kataeva, I.A. / Chang, J. / Shah, A.K. / Ljungdahl, L.G. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the exocellulase activity of the cellobiohydrolase CbhA from Clostridium thermocellum
著者: Schubot, F.D. / Kataeva, I.A. / Chang, J. / Shah, A.K. / Ljungdahl, L.G. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2003年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN ATOM O1X IS MISSING FOR THE LIGAND LABELED CTT.
Remark 999 SEQUENCE THE AUTHOR STATES THAT RESIDUES 814 TO 817 ARE PART OF THE NATIVE PROTEIN AS SHOWN IN ... SEQUENCE THE AUTHOR STATES THAT RESIDUES 814 TO 817 ARE PART OF THE NATIVE PROTEIN AS SHOWN IN GENBANK ENTRY CAA56918, BUT WERE OMITTED WHEN THE PROTEIN WAS RESEQUENCED TO GENBANK ENTRY AAR87745

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4534
ポリマ－68,7061
非ポリマー7473
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.600, 108.600, 119.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Cellobiohydrolase


分子量: 68706.117 Da / 分子数: 1 / 変異: E796Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
プラスミド: PET-21B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21
参照: UniProt: Q59325, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M SrCl2, 20% PEG4000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月10日 / 詳細: Rigaku Hi Res optics
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→54 Å / Num. all: 35372 / Num. obs: 29695 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSsoftware packageデータ収集
PROTEUM PLUSsoftware packageデータ削減
CNS精密化
PROTEUM PLUSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE OF Ig-GH9_CbhA

解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.5 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1238 -RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.23 35372 --
obs0.21 25481 72 %-
溶媒の処理Bsol: 32.6499 Å2 / ksol: 0.302098 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.623 Å2-2.315 Å20 Å2
2--2.623 Å20 Å2
3----5.245 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4789 0 47 387 5223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009286
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.85779
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ctt.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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